科研产出
基于微卫星多重PCR技术的特克塞尔*哈萨克杂交羊亲子鉴定
《中国畜牧兽医 》 2020 北大核心
摘要：本研究旨在建立一套适用于特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子关系的鉴定体系.试验选取11个微卫星标记位点进行组合扩增,通过优化微卫星标记位点组合的引物浓度、退火温度及反应体系等条件,建立了4组多重PCR体系,对多重PCR扩增产物采用毛细管电泳进行基因型分型,经PROSize3.0软件读取基因型分型结果,Cervus 3.0软件分析群体的遗传多样性,鉴定特克塞尔×哈萨克级进F2代(特哈级进F2)和横交F2代(特哈横交F2)的亲子关系.结果表明,特哈级进F2和特哈横交F2的等位基因数为180和140、平均等位基因数为16.364和12.727、平均观测杂合度(Ho)为0.533和0.544、平均期望杂合度(He)为0.807和0.831、平均多态信息含量(P IC)为0.783和0.803.对特哈级进F2和特哈横交F2两个品种70只候选亲本和64只候选子代的11个微卫星标记位点进行亲子关系鉴定,结果表明:当双亲基因型未知时的累积排除概率(CE-1P)为0.9995和0.9997;当单亲基因型已知时的累积排除概率(CE-2P)均达到1.0000;双亲基因型已知的累计排除概率(CEPP)均达到1.0000.说明选择的11个微卫星标记位点具有高度的多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体的亲子鉴定.利用微卫星标记建立的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定体系为分析绵羊群体遗传多样性和辅助育种工作提供了理论依据.
关键词： 特克塞尔×哈萨克杂交羊 微卫星标记 多重PCR 亲子鉴定
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SNP标记用于新疆5个绵羊品种亲子鉴定准确性的研究
《中国科技论文 》 2017 北大核心
摘要：探讨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记用于新疆不同绵羊品种间亲子鉴定的准确性。新研究参照国际绵羊基因组学协会(International Sheep Genomics Consortium,ISGC)推荐的88个常染色体SNP构成的标记组合,计算其累积排除概率(cumulative probability of exclusion,CPE)并由此估计鉴定所需标记数量,用似然法验证鉴定的准确性。在新疆5个绵羊品种中,该标记组合的CPE随最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)的增大而增大,且MAF≥0.3时,CPE增加显著。当CPE随SNP数量的增加达到99.9%时,需要约50~60个SNP;当SNP数量达到ISGC推荐的88个时,CPE超过99.98%。似然法鉴定验证绵羊群体亲子关系的结果与系谱记录完全一致,置信度超过99%。研究证实了ISGC推荐的SNP标记组合在新疆绵羊品种中亲子鉴定准确性较高,为基于SNP标记估计不同绵羊品种间亲子关系的研究提供了理论依据。
关键词： 生物信息学 单核苷酸 亲子鉴定 绵羊品种 排除概率 似然法
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