吐鲁番黑羊体重和体尺性状全基因组关联分析

白锋; 玛尔孜娅·亚森; 阿米妮古丽·阿不来孜; 滕文; 罗春彦; 纳扎开提·艾尼万尔; 张耘韬; 纪新民; 张艳花; 《畜牧兽医学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)挖掘与鉴定吐鲁番黑羊体重和体尺性状的相关候选基因及分子标记,为吐鲁番黑羊的选育提高及资源开发利用提供科学依据.本研究选取129只年龄在1~3岁、饲养环境一致的健康吐鲁番黑羊公羊,测定体重、体高、体斜长、胸围、管围、胸宽、胸深、尾宽、尾长共9项体重体尺性状表型数据;随后使用的一次性采血管(添加EDTA-K2抗凝剂)采集5 mL颈静脉外周血提取DNA.对合格的DNA样本进行简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS),运用samtools、bcftools等软件对原始测序数据进行检测、过滤及功能注释;然后利用GCTA、TreeBeST、GEMMA等软件分别完成群体遗传结构分析、群体分层评估及全基因组关联分析.本研究测序得到160.88 G的Raw data,质控后Clean data为157.87 G,获得460 766个SNPs位点.全基因关联分析在9个性状中共筛选到74个显著SNPs位点(P<10-5),进一步注释得到到39个候选基因.单倍型分析发现候选基因的多个显著位点均位于单倍型block区域内.本研究鉴定了与吐鲁番黑羊体重体尺性状显著关联的SNP位点及候选基因,为深入解析这些性状的遗传机制提供了重要依据,同时也为吐鲁番黑羊分子标记辅助育种提供了基础数据.

关键词： 吐鲁番黑羊 体尺性状 全基因组关联分析 单倍型分析