SNP标记用于新疆5个绵羊品种亲子鉴定准确性的研究

王悦; 覃锡忠; 贺三刚; 李文蓉; 贾振红; 刘明军; 《中国科技论文 》 2017 北大核心

摘要：探讨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记用于新疆不同绵羊品种间亲子鉴定的准确性。新研究参照国际绵羊基因组学协会(International Sheep Genomics Consortium,ISGC)推荐的88个常染色体SNP构成的标记组合,计算其累积排除概率(cumulative probability of exclusion,CPE)并由此估计鉴定所需标记数量,用似然法验证鉴定的准确性。在新疆5个绵羊品种中,该标记组合的CPE随最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)的增大而增大,且MAF≥0.3时,CPE增加显著。当CPE随SNP数量的增加达到99.9%时,需要约50~60个SNP;当SNP数量达到ISGC推荐的88个时,CPE超过99.98%。似然法鉴定验证绵羊群体亲子关系的结果与系谱记录完全一致,置信度超过99%。研究证实了ISGC推荐的SNP标记组合在新疆绵羊品种中亲子鉴定准确性较高,为基于SNP标记估计不同绵羊品种间亲子关系的研究提供了理论依据。

关键词： 生物信息学 单核苷酸 亲子鉴定 绵羊品种 排除概率 似然法