科研产出
绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
《草食家畜 》 2024
摘要：【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区（CDS）全长序列，并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列，以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因，利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时，采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量，这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690 bp，编码229个氨基酸，TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示，TMEM182属于稳定的疏水性蛋白，具有跨膜结构，无信号肽，具有3个N-糖基化位点，其蛋白二级结构主要由无规则卷曲（38.43%）和2α螺旋（30.57%）组成，而延伸链（24.89%）和β转角（6.11%）的占比相对较少，三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示，TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织（P<0.05）。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段，分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。
关键词： TMEM182基因 基因克隆 组织表达分析 生物信息学分析
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绵羊PDGFD基因克隆及其在不同部位脂肪组织中的表达
《中国畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：试验旨在获得绵羊血小板源性生长因子D（PDGFD）基因的编码区（coding sequence, CDS）全长序列,并了解其在体内不同部位脂肪组织中的表达规律。以阿勒泰母羊和中国美利奴母羊为研究对象,克隆获得了PDGFD基因CDS区全长序列并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR方法对PDGFD基因在2个品种羊沉积在尾部、肠系膜、背部和肾脏周围4个不同部位脂肪组织中的表达水平进行定量分析。结果显示,绵羊PDGFD基因CDS区序列长度为1 113 bp,编码370个氨基酸;PDGFD基因CDS区序列及其编码序列与山羊的相似性最高,其次是牛、猪、马、人,与鼠的相似性最低,系统进化树分析结果与其一致;预测PDGFD蛋白属于稳定的亲水性蛋白,且无跨膜区,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;PDGFD蛋白含有1个糖基化位点、1个CUB结构域和1个PDGF结构域,PDGFD蛋白二级结构由α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲构成,三级结构与结构域和二级结构分析结果基本吻合。实时荧光定量PCR结果显示,PDGFD基因在阿勒泰羊4个脂肪组织的表达量均高于中国美利奴羊,其中阿勒泰羊尾脂和背部脂肪的表达量显著高于中国美利奴羊（P<0.05）。本研究结果为进一步探究PDGFD基因在绵羊脂肪沉积中的作用机制提供参考。
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绵羊EDAR基因的克隆、序列分析及其在毛囊发育过程中的表达
《西北农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：旨在获得中国美利奴羊EDAR(ectodysplasin A receptor)基因的CDS区全序列并进行生物信息学分析,同时分析EDAR在绵羊毛囊发育过程中的表达特性,为深入研究该基因在绵羊毛囊生长发育过程中的作用及其表达调控提供基础资料。采用PCR扩增获得绵羊EDAR基因全长编码区,并克隆到PCRTM-BluntⅡ-TOPO@vector进行测序;利用生物信息学方法预测蛋白结构;应用qRT-PCR技术检测EDAR基因在绵羊毛囊发育过程中的表达特征。结果表明,绵羊EDAR基因的CDS序列长度为1 350bp(GenBank登录号:KX900497),编码449个氨基酸,该氨基酸序列与其他物种相比一致性较高;进化树分析表明,绵羊EDAR氨基酸序列与牛的进化关系较近,与斑马鱼较远;预测结果显示绵羊EDAR蛋白存在一个信号肽和一个跨膜结构域;qRT-PCR分析表明,EDAR基因在绵羊胎儿毛囊发育过程中均有表达,在毛囊发育第55天和第135天表达较高,第75天表达最低。获得绵羊EDAR基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特性,生物信息学分析发现EDAR基因的编码区序列具有物种间的保守性,同时该基因在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明EDAR基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要作用。
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