科研产出
绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
《草食家畜 》 2024
摘要：【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区（CDS）全长序列，并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列，以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因，利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时，采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量，这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690 bp，编码229个氨基酸，TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示，TMEM182属于稳定的疏水性蛋白，具有跨膜结构，无信号肽，具有3个N-糖基化位点，其蛋白二级结构主要由无规则卷曲（38.43%）和2α螺旋（30.57%）组成，而延伸链（24.89%）和β转角（6.11%）的占比相对较少，三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示，TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织（P<0.05）。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段，分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。
关键词： TMEM182基因 基因克隆 组织表达分析 生物信息学分析
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马乳脂肪球膜蛋白组鉴定及潜在功能分析
《中国畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：试验旨在研究马乳脂肪球膜（milk fat globule membrane, MFGM）蛋白组成及潜在的生物学功能。选取12匹5岁左右、平均体重为450～500 kg的健康纯血母马作为试验动物,主要饲喂干牧草,所有马匹饲养和管理条件均相同。将12份样品以每组4份进行混合,分离提取产后第60天马乳中MFGM蛋白,进行高分辨质谱仪鉴定和生物信息学分析。结果显示,马MFGM组分中共鉴定出310种表达蛋白,这些蛋白主要参与的生物过程为生物调节、刺激应答、定位、多细胞生物过程、运输、信号、细胞通讯、发育过程、细胞分化和免疫系统过程等;细胞成分主要为胞外区域、膜、囊泡、核仁和线粒体等;分子功能主要为催化活性、蛋白质结合、碳水化合物衍生物结合和小分子结合等。KEGG通路分析表明,MFGM蛋白主要参与血小板活化通路、内吞、脂肪酸生物合成和Ras信号通路等。马乳MFGM蛋白的蛋白质互作网络分析图中共包含215种蛋白质。本研究结果揭示了马乳MFGM蛋白质组的复杂性,为解析其营养和生物学功能提供了科学数据。
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NDRVσC蛋白互作的宿主因子筛选及生物信息学分析
《中国动物传染病学报 》 2019 北大核心
摘要：研究鸭呼肠孤病毒(Duck reovirus,DRV)σC蛋白与宿主因子之间的相互作用,对揭示σC蛋白在病毒复制过程中的功能及该病毒的致病机理具有重要作用。本研究采用免疫共沉淀法及质谱分析技术,筛选出与σC蛋白可能发生互作的宿主相关蛋白,并对所筛选出的宿主细胞蛋白进行了GO注释和KEGG代谢通路注释。结果表明,与空白对照组比较,获得与σC蛋白相互作用的宿主细胞蛋白有100个;筛选出的这些宿主细胞蛋白中,在病毒感染后不同时间点差异表达量均上升3倍以上的蛋白有6个,分别与病原致病性、蛋白质代谢途径、细胞信号通路转导有关。该研究结果为进一步探讨σC蛋白的生物学功能奠定了基础,也为揭示σC蛋白与宿主因子相互作用进而调控DRV复制等机制研究提供线索。
关键词： 鸭呼肠孤病毒 σC蛋白 宿主细胞蛋白 质谱分析 生物信息学分析
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发情期湖羊卵巢组织差异表达基因的筛选与分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：为了筛选与湖羊发情相关的候选功能基因,试验以发情期湖羊卵巢组织cDNA为试验组,乏情期的湖羊卵巢组织cDNA为对照组,采用抑制性消减杂交(SSH)技术构建湖羊卵巢组织消减cDNA文库,并对筛选获得的功能基因进行生物信息学分析。结果表明:应用SSH技术成功构建了湖羊发情期卵巢组织消减cDNA文库;共挑取89个克隆进行测序分析,获得27个已知物种的同源基因序列和3个Novel序列;随机挑取16个阳性克隆进行PCR扩增,插入片段主要分布在150~750 bp之间;对27个已知同源基因进行功能分类,其中酶功能相关基因5个、核糖核酸结合功能相关基因10个、载体运输功能相关基因2个、调节功能相关基因3个、转运功能相关基因3个、未分类基因4个。说明试验成功筛选获得湖羊发情相关候选功能基因。
关键词： 湖羊 卵巢组织 发情期 乏情期 抑制性消减杂交 生物信息学分析
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小反刍兽疫病毒N蛋白的原核表达及其生物信息学分析
《中国生物制品学杂志 》 2017 CSCD
摘要：目的原核表达小反刍兽疫病毒(peste-des-petits ruminants virus,PPRV)N基因,评价其抗原性,并进行生物信息学分析。方法参照GenBank中登录的PPRV(Nigeria/75/1)N基因序列,人工合成该基因,克隆至原核表达载体pET-30a(+),IPTG诱导N基因原核表达,表达产物进行SDS-PAGE及Western blot分析。运用Expasy Protparam和SOPMA软件对PPRV N基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果成功表达了PPRV N基因,其融合蛋白相对分子质量约64 400,主要以包涵体形式存在,并可被PPRV羊免疫血清特异性识别。PPRV N蛋白含524个氨基酸,相对分子质量约57 900,亲水性氨基酸占57.63%,疏水性氨基酸占42.17%,碱性氨基酸占12.21%,酸性氨基酸占14.12%,等电点理论值为5.11;亲水性平均系数为-0.296,不稳定系数为48.20;二级结构存在242个α螺旋(占46.18%),42个β转角(占8.02%),164个无规则卷曲(占31.3%),76个延伸链(占14.50%)。结论原核表达的PPRV N蛋白具有良好的特异性和抗原性,为单克隆抗体的制备及快速诊断方法的建立提供了参考。
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母猪VEGF基因mRNA全序列的克隆与分析
《中国畜牧兽医 》 2008 北大核心
摘要：本研究运用多种分子生物学方法对母猪胎盘VEGF mRNA全序列进行克隆和分析,结果发现:母猪胎盘VEGFmRNA全长约3500 bp,其完整的cDNA编码190个氨基酸,通过同源性比较预测了VEGF基因的DNA序列全长约为16kb。VEGF基因编码的氨基酸序列与人、小鼠和恒河猴的同源性分别为78.82%、79.44%和96.34%。经生物信息学分析,预测VEGF蛋白理论分子量为22.33 kD,其等电点为7.89;大约在1~20,40~45,50~60,65~80,100~105位之间的氨基酸存在疏水性区域,用TMHMM2.0分析猪VEGF的跨膜结构发现此蛋白所有氨基酸都位于膜表面,证实了VEGF是一种表面蛋白。用signalP 3.0分析发现在1~27位氨基酸可能为信号肽(P=0.999),且可能在26和27位氨基酸之间发生切割(P=0.956)。对VEGF核苷酸序列和氨基酸序列、蛋白质结构和功能的分析,进一步证实本研究得到了VEGF基因mRNA的全序列,为VEGF基因与母猪繁殖性能的关联性研究提供依据。
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