SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构比较分析

许琴; 倪艳; 是文辉; 李建瑛; 刘江伟; 赵红琼; 徐新明; 《实验动物与比较医学 》 2023

摘要：目的 使用高通量测序技术分析SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构与丰度。方法 收集30只SPF级雄性SD大鼠的回肠及结肠腔内容物，提取内容物中细菌总DNA并进行PCR扩增。使用Ilumina NovaSeq测序平台对样本中细菌16S rRNA的V3-V4区进行测序。然后基于有效数据在门、属水平上分析肠道菌群的物种结构和丰度，采用QIIME软件（扩增子）分析工具分析回肠和结肠菌群的多样性及差异，同时应用Tax4Fun程序预测回肠及结肠菌群的优势基因富集通路。结果 在门水平上，雄性SD大鼠回肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria），占比超过98%；结肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes），占比超过95%。在属水平上，回肠以乳酸杆菌属（Lactobacillus）和另枝菌属（Alistipes）为主要优势菌群，结肠以乳酸杆菌属（Lactobacillus）及罗姆布茨菌属（Romboutsia）为优势菌群。在菌群多样性方面，结肠菌群的α多样性包括丰富度指数（Chao1指数）及多样性指数（香农指数Shannon index）都显著高于回肠（P＜0.01），其菌群物种的组成结构差异性比回肠小；回肠菌群结构差异性显著的主要是厚壁菌门（Firmicutes）、罗姆布茨菌属（Romboutsia）和消化链球菌科（Peptostreptococcaceae），而结肠菌群结构差异性显著的是拟杆菌门（Bacteroidetes）、拟杆菌纲（Bacteroidia）和拟杆菌目（Bacteroidales）。在菌群功能方面，回肠菌群优势基因显著富集于类脂物代谢、多酮代谢、膜运输、生物降解等通路，而结肠菌群优势基因显著富集于甘聚糖生物合成代谢、能量代谢、辅助因子和维生素及其他产物的生物合成等通路。结论 SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群在结构与丰度上存在显著差异，结肠菌群的丰富度及多样性高于回肠。

关键词： 肠道菌群 菌群丰度 回肠 结肠 SD大鼠