北山羊与绒山羊杂交F1代DQA1基因外显子2多态性与CDS区生物信息学分析

吕雪峰; 许艳丽; 胡昕; 赛迪古丽·赛买提; 王乐; 《黑龙江畜牧兽医 》 2021 北大核心

摘要：为了解北山羊杂交后代DQA1基因序列特征,以及DQA1基因多态性与血液免疫性状的关系,筛选出用于北山羊杂交后代抗病育种的遗传标记,试验通过PCR扩增和测序获得了北山羊与家养绒山羊杂交F1代DQA1基因CDS区,并对CDS区编码蛋白进行了生物信息学预测分析,同时采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析DQA1基因外显子2的多态性,并与血液免疫性状进行了相关分析。结果表明:杂交F1代DQA1基因外显子2经AluⅠ酶切后共检出3种基因型,其中AC型白细胞和淋巴细胞数量显著高于BB型（P<0.05）,AB型血红蛋白浓度显著高于BB型（P<0.05）;DQA1基因CDS区长度为768 bp,编码255个氨基酸,表现为弱的亲水性,第23,24位氨基酸存在信号肽剪切位点,第218～240位有一个典型的跨膜螺旋区,二级结构主要由α-螺旋（16.08%）、β-折叠（25.49%）和无规卷曲（58.43%）组成。说明DQA1基因AC基因型与血液白细胞和淋巴细胞总数具有一定的相关性,其编码蛋白的生物信息学预测与其功能相一致,可作为抗病育种的遗传标记。

关键词： 北山羊 绒山羊 杂交F1代 DQA1 多态性 蛋白序列分析 生物信息学