科研产出
基于转录组分析技术筛选骆驼产奶性状相关基因
《草食家畜 》 2025
摘要：【目的】产奶性状是骆驼重要的经济性状，但目前骆驼产奶性状的研究尚不充分，产奶相关遗传机制的研究也鲜有报道。基于此，本研究计划通过转录组分析技术，深入挖掘骆驼产奶性状相关基因，以期为高产骆驼品种的选育工作提供数据支持。【方法】统一采集泌乳阶段骆驼的产奶量数据，将骆驼分为高产和低产组，并采集骆驼的血液进行转录组测序。【结果】通过对转录组数据进行统计分析，共筛选1 893个差异表达基因（FDR<0.05）,1 094个（57.80%）基因显著上调，799个（42.20%）基因显著下调。基因本体（Gene Ontology, GO）功能分析表明，分别有398条富集到生物过程（Biological process,BP）,98条富集到细胞组分（Cellular Component, CC）,260条富集到分子功能（Molecular function,MF）。京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析显示，主要富集到NOD样受体信号通路（NOD-like receptor signaling pathway）、TNF信号通路（Tumor Necrosis Factor signaling pathway）、T细胞通路（T lymphocyte signaling pathway）、溶酶体（Lysosome Cellular）、细胞衰老（Cellular senescence）、金黄色葡萄球菌感染（Staphylococcus aureus infection），以及细胞分化（Osteoclast differentiation）等相关信号通路。【结论】通过转录组数据对比分析及基因功能注释，共筛选MAPK13、CCL5、AKT3、CFD、MAN2A1、CAMK2D,6个与乳腺发育和泌乳调控相关的候选基因。这些发现为未来研究高产骆驼的分子机制提供理论基础，有助于深入理解乳腺发育和泌乳机制的复杂调控网络。后续研究将重点验证这些基因的调控机制，并基于此优化骆驼繁殖策略，以实现高产骆驼的选育目标。
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中国美利奴羊毛密度相关基因的筛选
《新疆农业科学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析中国美利奴羊毛密度表型差异,筛选影响中国美利奴羊毛密度性状相关的候选基因,为阐明中国美利奴羊毛密度的分子调控机制提供参考.[方法]采用毛丛法对中国美利奴羊的羊毛密度和毛囊密度进行测定、统计分析,选择不同羊毛密度中国美利奴羊皮肤进行转录组测序,鉴定与羊毛密度性状相关的候选基因.[结果]中国美利奴高羊毛密度组(HWD组)的平均羊毛密度(9 852.02±1 673.98)根/cm2,极显著高于低羊毛密度组(LWD组)(5 390.61±1 365.67)根/cm2(P<0.01).HWD组与LWD组平均初级毛囊密度差异不显著,HWD组的平均次级毛囊密度、初级毛囊密度与次级毛囊密度比值、平均总毛囊密度均极显著高于LWD组(P<0.01).利用羊毛密度显著差异的中国美利奴羊皮肤转录组数据,HWD组相对于LWD组,共筛选出521 个差异表达基因,其中280 个基因表达上调、241 个基因表达下调.通过高、低密度组间差异基因富集、差异基因互作和差异基因表达验证等分析,筛选出KRT18、KRT16、LOC101116157、CCN3、SPARC、C7、ATP12A、ANGPT4、WNT16、S100A1 及S100A4 等,影响了中国美利奴羊毛生长及密度的差异表达基因.[结论]不同羊毛密度的细毛羊皮肤组织的基因表达谱存在差异,这些基因表达可通过改变皮肤毛囊及羊毛生长等过程影响羊毛密度.
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新疆褐牛分子生物学和组学研究进展
《中国牛业科学 》 2024
摘要：[目的]回顾与总结近十年新疆褐牛研究应用分子生物学技术和组学技术在遗传,育种,产品品质,消化道微生物和疾病方面的研究现状及进展,为新疆褐牛持续深入的研究提供参考.[方法]检索美国国立医学图书馆(NCBI PUBMED)数据库和中国知网(CNKI)数据库中与新疆褐牛研究相关的文献,收集到SCI文献 28 篇和中文文献 22 篇,共汇总分析50 篇文献.[结果]分子生物学研究的新疆褐牛经济性状基因包括:生长性状6 个基因,肉质性状7 个基因,泌乳性状10 个基因,抗病性状4 个基因.组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学,宏基因组学和DNA甲基化)研究了新疆褐牛的遗传进化,基因组选择育种,经济性状候选基因,消化道微生物组成和功能,抗乳房炎和抗呼吸道疾病的分子机理.[结论]新疆褐牛研究已进入组学时代,但相较于国内其他牛种起步较晚,文献数量较少,可借鉴和研究的空间比较大.应加强与内地省份科研院所的联合攻关,积极加入国内外有关牛组学的大型研究计划,利用其中的大数据资源和新算法或模型,深入挖掘新疆褐牛的遗传潜力和经济价值,加快科研成果转化,培育新疆褐牛新品系,在种业振兴方面做出应有的贡献.
关键词： 新疆褐牛 PCR 基因组 转录组 蛋白质组 代谢组 宏基因组 DNA甲基化
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基于血液转录组探究皮山红羊繁殖性状候选基因的差异表达
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：皮山红羊作为新发现的优良地方品种，以多胎而闻名，本研究基于血液转录组测序技术对不同产羔类型皮山红羊差异表达基因（Differential Expression Genes,DEGs）进行筛选，同时探究皮山红羊在不同时期基因的表达差异。从具有连续两胎产羔记录的母羊群体中，随机选取20只体况一致的皮山红羊，分为高繁殖力组（H，胎产羔数≥2）和低繁殖力组（L，产单胎）。通过同期发情技术，采集埋栓前（T1,0 d）、黄体期（T2,10 d）和卵泡期（T3，撤栓后48 h）3个时期共60个血液样本，筛选不同产羔类型皮山红羊在不同时期的DEGs，利用实时荧光定量PCR对筛选出的DEGs进行验证。对60个血液样本进行转录组测序获得34 881 676～61 334 354 bp数据，有效过滤率94.72%～97.33%,Q20≥97.42%，比对率在93.21%～95.11%。在T1LvsT1H、T2LvsT2H及T3LvsT3H组分别有301、228、294个DEGs。其中，CCL14、PTGIS、PRLH等11个基因为不同产羔类型的共有DEGs。KEGG富集分析发现，ECM-受体相互作用、黏着斑、PPAR信号通路、细胞粘附分子等6条通路与繁殖性状相关，包含31个DEGs。结合蛋白互作网络分析，筛选到与皮山红羊繁殖过程相关的潜在基因COL3A1、COL1A1、ERBB2等。RT-qPCR结果表明，RNA-Seq结果准确可靠。本研究揭示了不同产羔类型皮山红羊血液中的DEGs，筛选到影响皮山红羊胚胎发育的ECM-受体相互作用、黏着斑、细胞粘附分子等重要通路，筛选出CCL14、PRLH、PTGIS、COL3A1、COL1A1、ERBB2等关键候选基因，以期为皮山红羊选种选育提供理论依据。
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绵羊小卵泡与中卵泡转录组差异特征分析
《江苏农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：卵泡的选择和发育过程涉及到卵泡内多种基因表达的变化和调控。绵羊卵泡的选择和发育过程与卵泡直径变化密切相关。以绵羊健康小卵泡(1~2 mm)和中卵泡(3~4 mm)为材料,进行RNA测序,分析小卵泡发育至中卵泡过程转录组水平变化特征。在分子功能上显著变化的基因主要涉及酶活性的调节和离子结合;在细胞组分上显著变化的基因主要涉及细胞外基质和质膜蛋白;在生物学过程上显著变化的基因主要涉及细胞增殖的正调控、细胞通讯、免疫和刺激反应等过程。KEGG分析差异基因富集的通路主要是补体和凝血级联反应,吞噬小体,细胞因子-细胞因子受体相互作用,TGF-β信号通路和轴突导向等。从小卵泡到中卵泡表达上调的有脂代谢相关基因(APOA1、APOD、APOE),胰岛素样生长因子路径基因(IGFBP1、IGFBP7),肿瘤生长因子beta途径基因(INHBA),核心蛋白多糖基因(DCN),血管发生基因(MGP),跨膜4超家族成员1基因(TM4SF1),胞外基质重建基因(MMP1、MMP13),五聚素3基因(PTX3),金属蛋白酶组织抑制剂1基因(TIMP1)。从小卵泡到中卵泡表达下调的主要有转录因子C-FOS、EGR1、FOSB和线粒体编码的脱氢酶家族基因MT-ND1、MT-ND5、MT-ND6等。这些基因的表达变化表明绵羊卵泡的选择过程可能涉及到IGF和TGFb通路的抑制,脂代谢、血管生成的增强以及细胞增殖能力下降等生物过程。
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