科研产出
基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域，并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组（high fertility, HF）,30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组（low fertility, LF）,对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析（PCA）、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描（Fst＆θπ）等综合分析法确定候选区域，进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡（LD）分析衰减曲线相似，系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示，两个群体明显聚成一簇，个别个体离群，其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z（Fst）值和θπ值的窗口为候选区域，共注释229个强选择信号，HF和LF组注释基因分别为86和143个，其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因，如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现，GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目，KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明，MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在，其中，g.14023542 T＞A、g.14036507 A＞G、g.14046123 C＞T位点与群体平均产羔数显著关联，且前2个突变位点呈现强连锁关系（r~2＞0.3）,g.14023542 T＞A位点TT基因型具有最多的平均产羔数（1.901±0.675）。【结论】皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似，具有一定程度的分化，但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。
全文链接
请求原文
选择信号分析及其对绵羊功能基因的挖掘进展
《中国畜牧兽医 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：绵羊经过长期自然和人工选择，形成了丰富多样的品种资源，并为人类提供肉、奶、毛、皮等生活物资。选择发生时伴随着选择信号的产生，常见的选择信号有群体分化、基因组多样性下降且存在高频等位基因的区域及被选择区域长范围扩展单倍型纯合等。针对不同类型的选择信号衍生出了相应的分析方法，如基于群体分化分析、基于基因组杂合度分析、基于单倍型和连锁不平衡分析和基于等位基因频率谱分析等。近年来，随着高通量测序技术的发展，研究人员通过对绵羊进行选择信号分析，挖掘出大量与经济性状相关的功能基因，为绵羊分子育种提供了更多的遗传信息。作者对选择信号的分类与检测方法及其对绵羊功能基因的筛选进行了介绍，并对选择信号分析的应用方向和研究前景进行了展望，旨在为选择信号分析在绵羊遗传育种中的应用提供借鉴。
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
