基于DNA池重测序技术研究细毛羊LAMB1基因的SNPs分析

赵冰茹; 黄锡霞; 田可川; 付雪峰; 徐新明; 何军敏; 吴伟伟; 《农业生物技术学报 》 2016 北大核心 CSCD

摘要：层粘连蛋白β1(laminin-beta-1,LAMB1)作为层粘连蛋白家族成员之一,在生物过程中发挥极为重要的作用。为了分析细毛羊(Ovis aries)毛性状相关候选基因LAMB1的遗传效应,本研究通过DNA池重测序技术筛选了LAMB1基因外显子区的5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),对其使用聚合酶链反应-单链构象多态性(single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products,PCR-SSCP)技术分型,在此基础上,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场418只细毛羊毛性状的遗传效应,利用Haplo View 4.2软件进行连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析。结果显示,该细毛羊群体遗传变异处于中等水平,LAMB1的5个SNPs发生错义突变。SNP2中AA和GA基因型个体鉴定时体重、剪毛后体重极显著高于GG基因型个体(P<0.01);SNP4中CC、TT和TC基因型个体间的自然长度差异极显著(P<0.01),CC基因型个体的剪毛后体重极显著高于TT和TC基因型的个体(P<0.01);而其他SNPs各基因型个体间的部分毛性状有显著差异(P<0.05)。SNP1和SNP3、SNP2和SNP3处于连锁不平衡状态,LAMB1基因可作为具有潜在应用价值的细毛羊毛性状分子标记之一。本研究揭示了LAMB1基因的分子遗传特征及其与细毛羊群体的遗传关系,为高效选育细毛羊经济性状及对其种质资源的保护与利用提供了分子学基础。

关键词： DNA池重测序 层粘连蛋白β1基因(LAMB1) 细毛羊 遗传效应 关联分析