科研产出
新疆地方绵羊品种Cytb基因遗传多样性与系统进化分析
《西南农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为全面了解新疆地方绵羊品种的遗传多样性和系统发育关系,为后期选种、保种和种质资源合理利用提供理论依据。【方法】对新疆13个地方绵羊品种线粒体DNA细胞色素b（cytochrome b, cytb）基因序列进行PCR扩增和测序分析。【结果】除和田羊外,其余12个品种遗传多样性均较丰富;中性检验显示和田羊经历过种群扩张;遗传距离和聚类分析显示和田羊与策勒黑羊遗传距离最近,与巴尔楚克羊遗传距离最远,其它品种与巴尔楚克羊的遗传距离均较远;单倍型网络图分析显示,13个地方品种分为3个分支;分子方差分析表明,群体内变异占91.33%,群体间变异占8.67%,品种间分化不明显。【结论】新疆13个地方绵羊品种有3个母系起源,其亲缘关系与育成史和地理分布基本一致,和田羊的遗传多样性较低,需要加强遗传资源保护。
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新疆引进羊驼遗传多样性与系统发育研究
《中国畜牧兽医 》 2017 北大核心
摘要：为充分了解引进羊驼的遗传多样性和系统发育关系,本试验采集了新疆3个地区(阿勒泰市青河县、塔城市和天山野生动物园)39只羊驼血液样品,对其线粒体D-loop基因进行了扩增和测序,得到长度为733bp的片段序列,群体单倍型多样度(Hd)为0.954,核苷酸多样性(Pi)为0.0091,基因流(Nm)为1.97。39条序列共定义了25种单倍型,其中单倍型H7是群体共享最多的单倍型。3个地区羊驼群体之间的遗传距离很小,为0.002~0.003;羊驼与美洲驼、原驼、骆马间的遗传距离为0.002、0.004、0.017,与双峰驼的遗传距离最大,为0.050~0.051,聚类分析发现,3个地区羊驼基本聚为一大支,而且与美洲驼、骆马、原驼亲缘关系较近,双峰驼单独聚为一支。综合分析,新疆引进的羊驼遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度较小,基因交流水平较高,羊驼与美洲驼、原驼和骆马之间亲缘关系最近,与双峰驼亲缘关系较远。
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新疆蟾蜍的遗传变异与地理分化
《干旱区研究 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：分布在新疆境内的蟾蜍在长期适应性进化中,其表型差异较大。为了解新疆蟾蜍的遗传多样性和系统发育关系,采集了新疆26个地区254只蟾蜍,对其线粒体Cytb基因进行了扩增和测序,得到长度为880 bp的片段序列,群体单倍型多样度为0.900,核苷酸多样性为0.005 5,遗传分化指数Fst为0.695 61,基因流Nm为0.35,254条序列共定义了55种单倍型,其中H23、H15是群体共享最多的单倍型,分子变异分析(AMOVA)发现,种群间遗传变异为68.55%,种群内遗传变异为31.45%。26个地理种群中乌苏群体和尉犁群体发生过种群扩张事件,扩张时间约为10~22万年前。群体间遗传距离较小,与地理距离呈低度正相关,系统发育树显示55种单倍型分为2个支系。新疆蟾蜍具有丰富的遗传多样性,群体间的遗传分化很大,各地种群间的基因流较小,遗传变异主要来自于种群间,而非种群内,单倍型H23、H15可认为是新疆蟾蜍的原始单倍型,天山在各地理群体之间不但起屏障作用,在冰期还提供了避难场所。
关键词： 蟾蜍 遗传变异 系统发育 地理分化 Cytb 新疆
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新疆羊狂犬病病毒的鉴定及N基因序列分析
《中国人兽共患病学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：目的诊断疑似羊狂犬病病例并分析其病原分子N基因遗传进化关系。方法采集新疆阿勒泰地区疑似狂犬病羊脑组织,以狂犬病病毒特异性目的基因(N基因)RT-PCR扩增和序列测定进行病毒鉴定;以DNAStar-Lasergene.v7.1软件拼接测定序列,应用BLAST软件分析N基因的遗传进化关系。结果显示本研究鉴定的狂犬病毒阳性并获得了病毒全基因序列,建立了其N基因的遗传进化关系树,确定疑似的羊狂犬病病毒与狂犬病病毒基因Ⅰ型俄罗斯C群的遗传关系较近。结论应用RT-PCR方法对羊源狂犬病进行实验室诊断,获得该病原全基因序列,明确了新疆狂犬病病原和流行地域分布,为羊狂犬病毒分子流行病学研究奠定基础。
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藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究
《中国畜牧兽医 》 2014 北大核心
摘要：为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点(singleton variable sites)82个,简约信息位点(parsimony informative sites)86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G(37.5%),共检测到70种单倍型,核苷酸多样性(Pi)在0.01040~0.02892之间,单倍型多样性在0.640~1.000之间,平均核苷酸差异数(K)为18.340,Tajima’s D中性检验发现这5个类群均不显著。通过构建NJ进化树结果表明,在藏系绵羊中红原类群与欧拉类群的亲缘关系最近,其次藏系绵羊中贾洛类群才与红原、欧拉类群聚为一类,再依次聚类的为新疆细毛羊、欧洲摩弗伦羊、东方盘羊;盘羊与羱羊单独聚为一类。该5个类群存在明显的3个母系起源。
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藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNAD-loop基因序列分析及系统进化研究
《中国畜牧兽医 》 2014 CSCD
摘要：为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNAD-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点(singletonvariablesites)82个,简约信息位点(parsimonyinformativesites)86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G(37.5%),共检测到70种单倍型,核苷酸多样性(Pi)在0.01040~0.02892之间,单倍型多样性在0.640~1.000之间,平均核苷酸差异数(K)为18...
新疆奶牛乳源大肠杆菌Irp2毒力岛的克隆及序列分析
《新疆农业大学学报 》 2010 北大核心
摘要：采集新疆奶牛隐性乳腺炎乳样,经分离、鉴定,从中得到乳源大肠杆菌,并将大肠杆菌菌株用大肠杆菌O因子血清标定。根据GenBank已发表的Irp2基因序列,用Oligo 6.0生物软件设计一对特异性引物。对分离得到的大肠杆菌菌株提取基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)进行扩增。结果表明,所分离大肠杆菌中Irp2基因阳性率为35.3%(12/34),阳性样品的测序结果与已发表的Irp2基因序列高度同源,同源率在98%以上。同时发现Irp2基因的阳性率与血清型并没有相关性。
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