科研产出
基于转录组测序揭示羊毛柔软度差异的遗传基础
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于转录组测序揭示羊毛柔软度差异的遗传基础,为优良羊毛性状的品种选育提供候选位点与理论参考.[方法]选择羊毛柔软度差异较大的细毛羊(XMY)、绵羊(MY)和山羊(SY)为试验材料,观察羊毛表型差异,并在体视显微镜下分离毛囊组织,提取总RNA进行转录组测序.利用ARMATS对各样品进行差异可变剪接事件分析,使用StringTie计算各基因外显子每千碱基片段百万比(FPKM),采用DESeq2筛选差异表达基因(DEGs)并进行GO功能富集分析.利用实时荧光定量PCR检测DEGs相对表达量.[结果]MY羊毛质地粗糙,柔软度最低,SY羊毛纤维细密,柔软度最高,XMY羊毛弹性好,纤维结构紧密,柔软度居中.SY与XMY基因表达量相关系数最低,二者差异最大.MY vs XMY组差异可变剪接事件最多,SY vs XMY组差异可变剪接事件最少.MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组的DEGs显著富集在角蛋白丝和核糖体等角蛋白合成途径上,MY vs XMY和SY vs XMY组DEGs富集程度最高的是角蛋白丝途径,MY vs SY组DEGs富集程度最高的是核糖体途径.KRT74基因在SY中的FPKM值显著高于MY(P<0.05),而EDAR基因在SY和MY中的FPKM值无显著差异(P>0.05).MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组共有65个DEGs,在NR数据库中注释到KRT2等5个角蛋白合成相关基因.候选基因LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489和LOC101108798在MY与SY间均存在极显著差异(P<0.01).[结论]羊毛柔软度的形成是角蛋白家族基因(KRT2、KRT74)及其相关调控网络在表达水平和时空模式上的综合作用结果.基于毛囊组织转录组测序筛选出 65 个可能影响羊毛柔软度的DEGs,其中LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489 和LOC101108798基因可用于羊毛品质的DNA分子标记开发.
关键词： 羊毛 柔软度 转录组测序 角蛋白 差异可变剪接事件
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周岁细毛羊羊毛长度、产毛量与体质量的全基因组关联分析
《西北农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为检测影响周岁细毛羊羊毛长度、毛量及体质量性状的基因组区域,利用OvineSNP50BeadChip对365只中国美利奴(新疆型)个体基因分型,并采用single-locus回归方法进行全基因组关联分析。通过基因组水平的Permutations校正,检测到2个与羊毛长度及3个与毛量显著关联的SNPs。这些SNPs分别邻近5个已知基因(9.16~143.32kb)。其中FIBIN、HSD17B11及PIAS1 3个基因参与羊毛生长、发育相关的生物学过程,且均包含于已知羊毛性状相关QTL区域内,为所检测到的关联结果提供进一步证据。对这些目标区域的进一步研究有助于揭示细毛羊羊毛长度、产量等性状的遗传机理。
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中国美利奴(新疆型)羊毛弯曲频率性状的全基因组关联分析
《新疆农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】鉴别影响细羊毛弯曲频率性状的基因组区域。【方法】利用Ovine SNP50 Bead Chip芯片对235只中国美利奴(新疆型)个体基因分型,基于Case/Control设计对弯曲频率性状进行全基因组关联分析。【结果】通过基因组水平的Permutations校正,检测到18个与细羊毛弯曲频率性状显著关联的SNPs。5个SNPs定位于已知基因内(内含子),13个SNPs分别邻近已知基因(距离1.8 kb~841.39 kb)。多数候选基因/SNP均为首次检测到与羊毛性状相关,其中基因PML、LAMC2、PDGF、CDC42SE2及DiRas3参与了人、小鼠毛发生长、发育相关的生物学过程。【结论】鉴别出了与羊毛弯曲频率性状关联的新的候选基因/SNP,对这些目标区域的进一步研究有助于揭示细毛羊羊毛弯曲性状的遗传机理。
关键词： 全基因组关联分析 羊毛 弯曲 弯曲频率 中国美利奴
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羊毛及动物毛发弯曲形成的生物学机理研究进展
《畜牧兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：弯曲是羊毛纤维的一个特征,对加工过程和最终的毛纺织品特性有显著影响。羊毛弯曲与毛囊中细胞的不对称分裂、毛纤维中正副皮质的双边排列、不同角蛋白的不对称组成及角质化过程等相关。尽管羊毛弯曲形成的分子机理鲜有报道,但小鼠锯齿状及波纹状毛发分子调控机理研究表明,IGFBP5/Krox20、Eda/Edar、Wnt、EGFR/TGF-α、Msx2/Foxn1/Ha3等介导的信号通路及毛发角蛋白基因和一些转录因子对纤维弯曲形成有重要影响。皮肤基因表达模式比较分析表明,哺乳动物毛发产生和发育的分子调控机理是相似的。这些信息为研究羊毛弯曲形成的分子机理提供了可能。本文旨在对羊毛及小鼠等动物毛发弯曲形成机理进行综述,为进一步解析羊毛弯曲形成分子机理进而为改善羊毛弯曲性状的研究提供参考。
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中国美利奴羊(新疆型)KRT38基因多态性分析
《畜牧与兽医 》 2013 北大核心
摘要：通过分析KRT38基因的多态性和丰富程度,探讨其作为羊毛性状相关功能候选基因可能性。采用PCR-SSCP与测序技术,首次对418只中国美利奴羊(新疆型)KRT38基因的遗传多态性进行了分析。结果表明:在中国美利奴羊(新疆型)群体中,KRT38基因有AA、AB、BB三种基因型,其中AA基因型频率为0.46,AB基因型频率为0.24,BB基因型频率为0.30;A、B等位基因频率分别为0.58、0.42;中国美利奴(新疆型)羊KRT38基因P2非编码区的基因杂合度(He)为0.49,多态信息含量(PIC)为0.37,属于中度多态;测序分析发现两处碱基突变,即G85A,C95T;经检验中国美利奴羊(新疆型)群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。中国美利奴羊(新疆型)KRT38基因P2非编码区位点群体遗传变异处于中等水平,为进一步研究KRT38基因多态性与美利奴羊(新疆型)毛用性状间的相关性奠定了基础。
关键词： 中国美利奴(新疆型)羊 KRT38基因 多态性 羊毛
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