科研产出
特克赛尔羊*阿勒泰羊F2绵羊肉质嫩度全基因组关联分析
《家畜生态学报 》 2024 北大核心
摘要：为了定位影响绵羊嫩度相关SNP位点及其重要候选基因，该研究选取462只特克赛尔羊×阿勒泰羊F2绵羊，其中公羔229只、母羔233只，所有试验羊均在统一条件下饲养至8月龄后进行屠宰，利用C-LM4嫩度仪对嫩度进行测定，利用Illumina绵羊高密度（600K）SNP芯片进行基因分型，使用GEMMA软件的MLM模型对嫩度性状进行全基因组关联分析。结果表明，经质控后，剩余613 178个SNPs位点用于全基因组关联分析，发现9个潜在SNPs位点与嫩度相关，分别分布在2、6、23、24号染色体上。根据基因生物学功能及相关研究文献，推测EREG、AREG、PDE1A基因参与肌肉再生、肌纤维形成等生物学过程，可作为影响嫩度的重要候选基因。研究结果可为利用分子生物学方法改良绵羊肌肉嫩度提供科学依据。
关键词： 嫩度 特克赛尔羊×阿勒泰羊 F2 候选基因 全基因组关联分析 SNP
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特克赛尔羊*阿勒泰羊F2代部分肉质性状的全基因组关联分析
《中国畜牧杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：本研究测定了462只特克赛尔羊×阿勒泰羊杂交F2代羊背最长肌的肉质性状，利用全基因组关联分析（GWAS）方法初步筛选肉质性状（熟肉率、失水率）的候选基因，并通过QQ-plot图对群体层化效应进行了检测。结果表明，以上肉质性状群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差，也不存在明显群体层化效应。关联分析结果表明共有16个SNP位点达到基因组显著水平，其中与熟肉率显著相关的位点8个，与失水率显著相关的位点8个。根据基因注释和文献检索结果，推测DOCK4、AOAH和CREB5基因可作为影响绵羊熟肉率的候选基因，所筛选出的候选基因主要通过调控肌纤维类型、参与肌肉生长过程等途径影响熟肉率；推测PRKCE和PRKG1基因可作为影响绵羊失水率的候选基因，筛选出的候选基因主要通过调控细胞分化、肌肉收缩、脂肪生成及参与肌动蛋白细胞骨架等作用而影响失水率。本研究结果将为改良绵羊肉质嫩度、多汁性提供候选分子标记，为地方品种绵羊标记辅助选择提供新的思路。
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多浪羊多胎基因全基因组关联分析研究
《江西农业学报 》 2017
摘要：利用全基因组重测序技术,对多浪羊产羔性状进行了全基因组关联分析(GWAS),挖掘了绵羊繁殖性状相关候选基因及分子标记,结果表明:Fst检验结果共筛选出135个显著窗口,可以发现大部分的Fst值都集中在0.35~0.50之间。对筛选到的显著窗口进行基因注释,共得到51个基因。再进行富集分析后发现Fst的最大值为0.8710,且位于NCOA1基因内部。在雌配子发生条目中,多胎组和单胎组共同基因为INHBA。同样,利用ENSEMBLE数据库进行基因注释,共有28个基因与显著窗口有交集,如ACP1、ING5、ARNT等。这些候选基因和分子标记的揭示对绵羊繁殖性状功能基因的挖掘具有参考价值和理论意义。
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周岁细毛羊羊毛长度、产毛量与体质量的全基因组关联分析
《西北农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为检测影响周岁细毛羊羊毛长度、毛量及体质量性状的基因组区域,利用OvineSNP50BeadChip对365只中国美利奴(新疆型)个体基因分型,并采用single-locus回归方法进行全基因组关联分析。通过基因组水平的Permutations校正,检测到2个与羊毛长度及3个与毛量显著关联的SNPs。这些SNPs分别邻近5个已知基因(9.16~143.32kb)。其中FIBIN、HSD17B11及PIAS1 3个基因参与羊毛生长、发育相关的生物学过程,且均包含于已知羊毛性状相关QTL区域内,为所检测到的关联结果提供进一步证据。对这些目标区域的进一步研究有助于揭示细毛羊羊毛长度、产量等性状的遗传机理。
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中国美利奴(新疆型)羊毛弯曲频率性状的全基因组关联分析
《新疆农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】鉴别影响细羊毛弯曲频率性状的基因组区域。【方法】利用Ovine SNP50 Bead Chip芯片对235只中国美利奴(新疆型)个体基因分型,基于Case/Control设计对弯曲频率性状进行全基因组关联分析。【结果】通过基因组水平的Permutations校正,检测到18个与细羊毛弯曲频率性状显著关联的SNPs。5个SNPs定位于已知基因内(内含子),13个SNPs分别邻近已知基因(距离1.8 kb~841.39 kb)。多数候选基因/SNP均为首次检测到与羊毛性状相关,其中基因PML、LAMC2、PDGF、CDC42SE2及DiRas3参与了人、小鼠毛发生长、发育相关的生物学过程。【结论】鉴别出了与羊毛弯曲频率性状关联的新的候选基因/SNP,对这些目标区域的进一步研究有助于揭示细毛羊羊毛弯曲性状的遗传机理。
关键词： 全基因组关联分析 羊毛 弯曲 弯曲频率 中国美利奴
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