科研产出
北山羊与绒山羊杂交F1代DQA1基因外显子2多态性与CDS区生物信息学分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：为了解北山羊杂交后代DQA1基因序列特征,以及DQA1基因多态性与血液免疫性状的关系,筛选出用于北山羊杂交后代抗病育种的遗传标记,试验通过PCR扩增和测序获得了北山羊与家养绒山羊杂交F1代DQA1基因CDS区,并对CDS区编码蛋白进行了生物信息学预测分析,同时采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析DQA1基因外显子2的多态性,并与血液免疫性状进行了相关分析。结果表明:杂交F1代DQA1基因外显子2经AluⅠ酶切后共检出3种基因型,其中AC型白细胞和淋巴细胞数量显著高于BB型（P<0.05）,AB型血红蛋白浓度显著高于BB型（P<0.05）;DQA1基因CDS区长度为768 bp,编码255个氨基酸,表现为弱的亲水性,第23,24位氨基酸存在信号肽剪切位点,第218～240位有一个典型的跨膜螺旋区,二级结构主要由α-螺旋（16.08%）、β-折叠（25.49%）和无规卷曲（58.43%）组成。说明DQA1基因AC基因型与血液白细胞和淋巴细胞总数具有一定的相关性,其编码蛋白的生物信息学预测与其功能相一致,可作为抗病育种的遗传标记。
关键词： 北山羊 绒山羊 杂交F1代 DQA1 多态性 蛋白序列分析 生物信息学
全文链接
请求原文
绵羊TGFβ2基因及其剪切体的克隆与生物信息学分析
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆绵羊TGFβ2(Transforming growth factor-β2)基因CDS,解析其序列及编码蛋白的生物学特性,为绵羊生产利用提供理论基础。采用PCR技术克隆获得TGFβ2基因的CDS,并进行生物信息学分析。结果表明:绵羊TGFβ2基因的CDS长度为1 329bp,编码442个氨基酸;其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2由于CDS部分缺失分别编码331和414个氨基酸。绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2编码蛋白的理论等电点分别为8.74、7.60和8.82,均存在1个信号肽和1个跨膜结构域,由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成;序列同源性分析发现,绵羊TGFβ2基因编码区的核苷酸和氨基酸序列与其他哺乳动物同源性较高,进化树分析表明,绵羊TGFβ2氨基酸序列与人类的进化关系较近,与斑马鱼较远;细胞定位分析表明TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2主要在细胞外基质中发挥作用,调控下游靶基因的表达。获得绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2完整的CDS,与TGFβ2转录本相比,TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2分别缺失111和28个氨基酸序列,其可能通过与TGFβ2转录本不同的分子调控机制发挥重要的生物学作用。
全文链接
请求原文
SNP标记用于新疆5个绵羊品种亲子鉴定准确性的研究
《中国科技论文 》 2017 北大核心
摘要：探讨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记用于新疆不同绵羊品种间亲子鉴定的准确性。新研究参照国际绵羊基因组学协会(International Sheep Genomics Consortium,ISGC)推荐的88个常染色体SNP构成的标记组合,计算其累积排除概率(cumulative probability of exclusion,CPE)并由此估计鉴定所需标记数量,用似然法验证鉴定的准确性。在新疆5个绵羊品种中,该标记组合的CPE随最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)的增大而增大,且MAF≥0.3时,CPE增加显著。当CPE随SNP数量的增加达到99.9%时,需要约50~60个SNP;当SNP数量达到ISGC推荐的88个时,CPE超过99.98%。似然法鉴定验证绵羊群体亲子关系的结果与系谱记录完全一致,置信度超过99%。研究证实了ISGC推荐的SNP标记组合在新疆绵羊品种中亲子鉴定准确性较高,为基于SNP标记估计不同绵羊品种间亲子关系的研究提供了理论依据。
关键词： 生物信息学 单核苷酸 亲子鉴定 绵羊品种 排除概率 似然法
全文链接
请求原文
苏博美利奴羊S100A11基因序列分析及表达研究
《黑龙江畜牧兽医 》 2016 北大核心
摘要：为了探讨S100A11基因在苏博美利奴羊中不同类型细度的细毛羊中的表达模式,试验以苏博美利奴羊为研究对象,克隆了钙囊素S100A11基因,采用生物信息学方法进行遗传进化分析,对S100A11蛋白的理化性质进行分析,并对其二级蛋白结构进行预测,且通过RT-PCR相对定量方法检测S100A11基因在不同绵羊个体中的表达规律。结果表明:绵羊S100A11基因的CDS全长序列为866 bp,编码了105个氨基酸,与绵羊、山羊、牛、猪、鼠、兔、鸡、狗和斑马鱼的CDS同源性分别为96%、96%、96%、87%、24%、44%、70%、70%、60%;分别在1 bp、220~336 bp、415~864 bp有3个开放式阅读框(ORF);S100A11基因全长为4 798 bp。S100A11蛋白含有1个信号肽、19个磷酸化位点;同时S100A11基因在超细型细毛羊皮肤组织表达量极显著高于细型细毛羊的表达量(P<0.01),差异倍数为2.048。
关键词： 绵羊 S100A11基因 生物信息学 RT-PCR 显著性表达
全文链接
请求原文
不同羊毛纤维直径细毛羊MYL6基因克隆及差异表达研究
《中国畜牧杂志 》 2016 北大核心
摘要：试验以苏博美利奴羊为研究对象,探讨肌球蛋白轻链6(MYL6)基因在不同羊毛纤维直径的苏博美利奴羊中的表达模式。通过克隆肌球蛋白轻链6(MYL6)基因,结合生物信息学方法对其进行遗传进化和理化性质分析,且预测其二级蛋白结构,又通过RT-PCR相对定量方法以2~(-△△ct)值检测MYL6基因在苏博美利奴羊上的表达规律。结果表明:苏博美利奴羊MYL6基因大小为152036915 bp,MYL6基因的CDS全长序列为696 bp,共编码了105个氨基酸,与绵羊、山羊、牛、猪、老鼠、兔子、鸡、狗和斑马鱼的CDS同源分别为96%、95%、40%、40%、40%、40%、0%、60%、0%。分别在1、220~336、415~864 bp位点上有3个开放式阅读框(ORF)。遗传理化性质研究显示MYL6蛋白含有1个信号肽,在苏氨酸上有5个磷酸化位点、6个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点,可能是一种非分泌性蛋白;MYL6蛋白的二级结构以无规则卷曲为主,β-折叠区域占-2.00%;扭曲度占-0.16%;等电荷在-1.60~0.05。研究结果表明,苏博美利奴羊MYL6基因在超细型细毛羊皮肤组织表达量显著高于细型细毛羊的表达量(P<0.01,差异倍数为2.048)。本研究将为开展肌球蛋白轻链基因在细毛羊皮肤转录水平上的研究提供数据理论基础。
关键词： 苏博美利奴羊 MYL6基因 生物信息学 RT-PCR 转录水平
全文链接
请求原文
苏博美利奴羊S1OOA11基因序列分析及表达研究
《黑龙江畜牧兽医(上半月) 》 2016 北大核心
摘要：为了探讨S100A11基因在苏博美利奴羊中不同类型细度的细毛羊中的表达模式,试验以苏博美利奴羊为研究对象,克隆了钙囊素S100A11基因,采用生物信息学方法进行遗传进化分析,对S100A11蛋白的理化性质进行分析,并对其二级蛋白结构进行预测,且通过RT-PCR相对定量方法检测S100A11基因在不同绵羊个体中的表达规律.结果表明:绵羊S100A11基因的CDS全长序列为866 bp,编码了105个氨基酸,与绵羊、山羊、牛、猪、鼠、兔、鸡、狗和斑马鱼的CDS同源性分别为96%、96%、96%、87%、24%、44%、70%、70%、60%;分别在1 bp、220 ~336 bp、415 ~864bp有3个开放式阅读框(ORF);S100A11基因全长为4 798 bp.S100A11蛋白含有1个信号肽、19个磷酸化位点;同时S100A11基因在超细型细毛羊皮肤组织表达量极显著高于细型细毛羊的表达量(P<0.01),差异倍数为2.048.
关键词： 绵羊 S100A11基因 生物信息学 RT-PCR 显著性表达
全文链接
请求原文
环形泰勒虫表面抗原重组蛋白Tasp-Tams1-Spag1生物信息学分析与原核表达
《中国动物传染病学报 》 2015
摘要：运用生物信息学软件对环形泰勒虫表面抗原串联基因Tasp-Tams1-Spag1进行分析,预测其编码蛋白的主要特性与抗原表位等,并对此串联基因进行克隆与原核表达。结果表明:串联重组蛋白Tasp-Tams1-Spag1属于不稳定非分泌型亲水性蛋白;编码346个氨基酸;有4个低复杂性的结构域,且含有Sorb与Btz、NL、NOT的同源区域;可能存在11个B细胞表位优势区段与17个T细胞表位优势区段,含有T、B细胞联合表位,表明Tasp-Tams1-Spag1重组蛋白可能具有良好的免疫原性。IPTG诱导重组蛋白原核表达,结果显示,该重组蛋白以包涵体形式存在;经Western blot检测,表明此串联蛋白反应原性良好,为后续深入研究免疫抗原奠定基础。
全文链接
请求原文
环形泰勒虫表面抗原Tasp-Spag1基因串联表达及其蛋白生物信息学分析
《动物医学进展 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：研究环形泰勒虫表面抗原特性,以原核表达系统串联表达其表面抗原Tasp-Spag1,并对其蛋白进行生物信息学分析。通过PCR技术扩增Tasp-Spag1基因片段后构建重组质粒pET-28a-Tasp-Spag1,IPTG诱导重组蛋白表达,SDS-PAGE、Western blot检测;运用生物信息学软件对Tasp-Spag1基因片段进行分析,并预测其编码蛋白的主要特性与抗原表位。结果显示,扩增得到Tasp-Spag1基因长度为729bp,原核表达后通过SDS-PAGE与Western blot检测显示,得到大小与预期分子质量相当的目的蛋白;生物信息学分析发现,此串联重组蛋白Tasp-Spag1具有236个氨基酸,属于不稳定的非分泌型、非跨膜亲水蛋白,分别具有33个与21个可能的糖基化与磷酸化位点,有三段低复杂性的结构域,并且含有Sorb、NL的同源区域,可能有10个B细胞表位优势区段与7个T细胞表位优势区段,具有两段交叉反应性表位肽。
全文链接
请求原文
环形泰勒虫表面抗原Tams1-Spag1串联表达及其蛋白的生物信息学分析
《畜牧与兽医 》 2015 北大核心
摘要：为了研究环形泰勒虫表面抗原特性,以原核表达系统串联表达表面抗原Tams1-Spag1基因,并对其蛋白进行生物信息学分析。通过PCR技术扩增Tams1-Spag1基因片段后构建重组质粒p ET-28a-Tams1-Spag1,IPTG诱导重组蛋白表达,SDS-PAGE与Western-blot检测显示,得到大小与预期分子量相当的目的蛋白;生物信息学分析发现,此串联重组蛋白Tams1-Spag1具有219个氨基酸,属于非分泌型亲水性蛋白,分别具有13个与11个可能的糖基化与磷酸化位点,存在两个低复杂性的结构域,一个NOT的结构域,预测有6个B细胞表位优势区段与10个T细胞表位优势区段,存在两段交叉反应性表位肽。本研究为深入探讨串联重组蛋白的免疫原性提供理论依据。
全文链接
请求原文
新疆绵羊SNP数据库系统的设计与实现
《农业网络信息 》 2014
摘要：在当前生物信息学的研究过程中,通过对生物SNP数据的研究,可以了解生物的进化和发展过程,并找到影响其生长的基因。本文基于新疆绵羊SNP数据进行研究与设计,依据绵羊SNP数据的特性和系统要求,实现了新疆绵羊SNP数据库系统,为研究绵羊的科学工作提供了平台。
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
