科研产出
新疆和田地区鹅细小病毒感染调查及VP1基因遗传进化分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2024 北大核心
摘要：为了解新疆和田地区鹅细小病毒(Goose parvovirus, GPV)的感染情况及遗传进化特征，试验采集新疆和田地区和田县、于田县、皮山县鹅养殖场的578只死亡雏鹅的内脏(肝脏、脾脏)及肛拭子样本(和田县344只，于田县67只，皮山县167只),采用PCR方法对鹅细小病毒进行检测，并随机选取2份阳性病料样本对鹅细小病毒VP1基因进行PCR扩增、测序、BLAST比对和遗传进化分析。结果表明：共检测出44份鹅细小病毒阳性样品，总阳性率为7.61%(44/578),其中新疆和田地区和田县鹅细小病毒阳性率为12.50%(43/344),于田县鹅细小病毒阳性率为1.49%(1/67),皮山县未检测到鹅细小病毒。随机选取的2株鹅细小病毒(XJHT-1、XJHT-2株)均为经典鹅细小病毒，与鹅细小病毒各参考毒株VP1基因编码氨基酸序列相似性分别为89.5%～95.8%和92.1%～97.3%,与番鸭细小病毒参考毒株VP1基因编码氨基酸序列相似性分别为76.0%～85.4%和78.5%～88.7%。鹅细小病毒XJHT-1、XJHT-2株与鹅细小病毒DY16株(中国江苏)的相似性最高，分别为95.8%和97.3%,遗传距离最近；XJHT-1株与鹅细小病毒GD株(中国广东)和SD-F30株(中国河北)的相似性较低，分别为89.5%和89.6%;XJHT-2株与鹅细小病毒SHM319株(德国)、GD株(中国广东)和SD-30株(中国河北)的相似性较低，分别为92.1%、92.8%和92.8%。说明和田地区部分鹅场存在鹅细小病毒的感染，但阳性率较低，选取的2株毒株与鹅细小病毒DY16株(中国江苏)的氨基酸序列相似性最高，推测可能由鹅细小病毒DY16株进化而来。
关键词： 和田地区 鹅细小病毒 流行病学调查 VP1基因 遗传进化分析
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新疆地区牛冠状病毒的分子流行病学调查
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：牛冠状病毒（bovine coronavirus, BCoV）是造成犊牛腹泻的主要病原之一。新疆养牛业发展迅速，国内外引入品种数量日益增多，BCoV感染呈上升态势，但对其流行现状与规律缺乏全面了解。本研究于2020—2022年对新疆南、北疆养牛业主产区BCoV感染的流行情况进行了两年跟踪调查，共采集犊牛腹泻粪样本652份，采用RT-PCR方法进行了BCoV检测。对分离鉴定到的毒株进行了遗传进化分析。结果发现，BCoV总阳性率23.93%（156/652）。BCoV感染呈季节性变化，冬季为主要感染季节，检出率高达50.85%。南疆地区BCoV发病率高于北疆地区。与奶用犊牛相比，肉用犊牛更易感染。遗传进化分析表明：本试验分离到的BCoV毒株暂命名为BCoV/China/XJ-CJ/2022,该毒株的S基因与2018年毒株MN982199.1进化关系最近，N基因与2018年毒株MK095169.1BCOV-China/SWUN/LN4/2018进化关系最近，M基因与2017年毒株MK095148.1 China/SWUN/SC1/2017进化关系最近，HE基因与2017年毒株MK095136.1 BCOV-China/SWUN/SC2/2017进化关系最近。使用软件分析BCoV/China/XJ-CJ/2022与其它国家出现的BCoV毒株之间未出现基因重组现象。经5个结构蛋白的核苷酸和氨基酸相似性分析，发现其基因依然与中国国内本土毒株FJ938064.1＿E-AH187-TC相似度最高，分别最低达到91.50%和96.70%。调查结果表明，BCoV在新疆规模化牛场呈现出的季节、地域和品种间的感染差异性可为精准防控策略的制定提供数据支撑。
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基于SLAF-seq简化基因组技术的疆岳驴遗传进化分析
《安徽农学通报 》 2023
摘要：畜禽资源是中国种业创新、打赢种业翻身仗的根基.疆岳驴是陕西关中驴(大型驴)和新疆驴(小型驴)经过半个多世纪杂交改良、横交固定、选育提高、培育而成的良种驴,旨在基因组水平上揭示疆岳驴的遗传进化,解析疆岳驴的遗传结构及遗传多样性.该研究利用SLAF-seq简化基因组测序鉴定疆岳驴SNP标记,构建125头样品群体进化树并进行分析.共鉴定SNP标记4887196个;通过MEGA 5软件neighbor-joining算法,构建的群体进化树显示,125头疆岳驴聚集为2个大的分支:一个分支46头聚集在一起,亲缘关系较近;另一分支79头聚集在一起,亲缘关系较近.这2个分支间亲缘关系较远.通过admixture软件、EIGENSOFT软件、SPAGe?Di软件进一步佐证了125头疆岳驴可分为2个群体,利用SLAF-seq简化基因组测序能全面准确地揭示疆岳驴的遗传多样性和遗传结构,为疆岳驴的关联遗传学研究和重要性状QTL定位提供依据,为争取在第3次全国畜禽遗传资源普查申报新培育品种(配套系)和疆岳驴重要性状QTL定位奠定基础.
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新疆地区GIII.2型牛诺如病毒流行病学调查及ORF1基因遗传进化分析
《中国预防兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为调查牛诺如病毒(BNoV)在新疆不同地区牛场中的感染情况,本实验针对BNoV的RdRp基因设计特异性引物,采用RT-PCR方法对新疆乌鲁木齐、塔城、伊犁、喀什4个地区的7个牛场共230份牛粪便样品进行检测,并获得塔城地区一株BNoV开放阅读框1(ORF1)基因,对其进行遗传进化、同源性及基因重组分析.流行病学调查结果显示,新疆地区BNoV阳性率为17.83%(41/230),其中塔城地区阳性率最高(60.00%,9/15).对检测的BNoV ORF1基因进行遗传进化分析,结果显示,其属于GIII.2型BNoV,与中国四川地区OK032546.1病毒株相似性最高(94.6%),聚为一支;同源性分析结果显示,本研究中检测到的两株BNoV的ORF1基因序列之间的同源性为100%,均与OK032546.1病毒株相应基因序列同源性最高(96.6%).ORF1编码的氨基酸序列分析显示两株BNoV ORF1与MZ573179.1病毒株同源性最高(98.35%),且与国内外其他GIII.2型病毒株同源性在76.1%以上.通过对ORF1基因重组分析,结果显示,本研究检测到的BNoV与国内外经典株ORF1基因无基因重组现象.本研究填补了新疆地区对BNoV基因序列研究的空白,为BNoV感染的防制提供了参考依据.
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一株新疆野鸟源新城疫病毒的分离鉴定、F基因克隆及遗传进化分析
《中国畜牧兽医 》 2017 北大核心
摘要：为了解新疆野鸟新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)感染情况,分析其分子特征和基因变异特点,防止新城疫的暴发和蔓延,本试验用9日龄SPF鸡胚进行病毒的分离传代,HA、HI试验和RT-PCR方法对位于"东非—西亚迁徙线"福海县的野鸟进行了NDV检测,分离到1株野鸟源NDV,并命名为NDV/Pintail/CH(XJ)/01/2016。结果表明,该NDV分离株F基因ORF长1 662bp,编码553个氨基酸,F基因碱性裂解位点序列为~(112)G-R-Q-G-R-L~(117),符合弱毒株特征;遗传进化分析显示,NDV/Pintail/CH(XJ)/01/2016与乌克兰鸽源分离株Doneck/3/968、比利时鸭源分离株Simeonovgrad核苷酸同源性均为99.7%,属于NDV ClassⅡ基因Ⅱ型。而上述3株病毒均与疫苗毒La Sota具有较高同源性(99.5%~99.8%)。本研究结果为家禽NDV外流进入自然环境提供了论据。
关键词： 野鸟 新城疫病毒(NDV) F基因 遗传进化分析
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