细毛羊LAMB1基因外显子多态性及其与羊毛纤维直径的关联性分析

赵冰茹; 黄锡霞; 田可川; 付雪峰; 徐新明; 《中国畜牧兽医 》 2016 北大核心

摘要：试验旨在研究LAMB1基因外显子在细毛羊中的多态性及其与羊毛纤维直径的关联性。基于DNA池重测序技术获得的SNPs数据,共筛选LAMB1基因外显子区域20个SNPs,利用直接测序法、PCR-SSCP及生物信息学软件对10个错义突变SNPs的准确性进行验证,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场育种核心群300只细毛羊的遗传效应及与被毛纤维直径的关联性。结果表明,20个SNPs中10个是同义突变SNPs;10个错义突变SNPs验证后7个发生错义突变,导致蛋白性质改变,3个呈假阳性。突变后LAMB1蛋白疏水性更强,预测是不可溶性蛋白。SNP5中TT基因型个体纤维直径显著高于TC和CC基因型个体(P<0.05),SNP9中GG和TT基因型个体纤维直径显著高于GT基因型个体(P<0.05)。虽然DNA混池全基因组重测序技术完整地检测到基因的SNPs,并将假阳性最小化,但还需要对结果进行验证。研究揭示LAMB1基因外显子多态性丰富,突变SNPs在外显子中分布不平衡,LAMB1基因SNP5(rs159769941)和SNP9(rs159769901)可以考虑作为影响细毛羊被毛纤维直径的有效遗传标记。

关键词： DNA混池 重测序 LAMB1基因 SNPs