科研产出
基于转录组测序分析SOX18在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：旨在初步探究SOX18基因在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能。本研究首先采用免疫荧光染色试验对从湖羊毛囊中分离的细胞进行鉴定，然后构建SOX18基因过表达载体并通过qRT-PCR和Western blot检测其过表达效率。将经过鉴定且生长状态良好的毛乳头细胞分为两组，分别转染SOX18过表达载体和空载质粒，每组3个重复。采用Trizol法提取6个样本的总RNA并构建cDNA文库，利用Illumina Novaseq6000平台进行测序，然后对样本相关性和差异表达基因进行分析，并对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释，寻找SOX18基因调控的相关候选基因和通路。为确认转录组数据的准确性，随机选取9个差异表达基因进行qRT-PCR验证。免疫荧光结果显示，毛乳头相关基因在所分离的细胞中高表达，表明所分离的毛乳头细胞纯度高。qRT-PCR和Western blot检测发现，SOX18基因过表达能够增加毛乳头细胞中SOX18的mRNA和蛋白水平，表明构建的SOX18基因过表达载体可用于后续试验。转录组分析结果表明样本间相关性好，SOX18过表达组和对照组相比共发现157个基因差异表达，其中103个基因在SOX18过表达后上调，54个基因下调，qRT-PCR分析表明转录组数据准确性高。GO功能分析显示，一些差异基因富集于细胞进展和毛囊发育过程。KEGG富集分析表明，一些差异表达基因富集于细胞增殖和毛囊发育相关信号通路。GO功能分析和KEGG富集分析表明SOX18在毛乳头细胞的增殖和毛囊发育过程中起作用。本研究通过转录组测序分析发现SOX18可能通过影响细胞增殖和毛囊发育相关的基因和信号通路来影响毛乳头细胞增殖和毛囊生长发育，研究结果为解析SOX18基因在湖羊毛乳头细胞和毛囊中的分子调控机制提供了理论基础。
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阿勒泰羊FKBP5基因的克隆及其在组织中的表达
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究FKBP5基因和蛋白在绵阿勒泰羊不同组织、不同卵泡发育时期中的表达和定位情况.[方法]利用PCR法扩增获得阿勒泰羊FKBP5基因CDS区全长序列,并构建分子系统进化树;利用Real-time qPCR和Western Blot检测阿勒泰羊卵巢等不同器官和组织中FKBP5基因和蛋白的表达量;利用Real-time qPCR技术检测FKBP5基因在阿勒泰羊不同大小卵泡及黄体中的表达情况;利用免疫组化技术检测FKBP5蛋白在阿勒泰羊卵巢中的表达定位.[结果]阿勒泰羊FKBP5基因CDS区序列全长1390 bp,编码462个氨基酸;绵羊与山羊和牛的亲缘关系较近,与鸡(禽类)亲缘关系较远;FKBP5基因和蛋白在绵羊心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、子宫、卵巢、输卵管和睾丸中均有表达,其中在输卵管中表达量最高,接下来依次是肝脏、脾脏、子宫、卵巢和睾丸等器官和组织,在心脏、肺和肾脏中表达量较低;FKBP5基因在大卵泡中的表达量最高,且极显著高于卵巢、小卵泡和黄体(P<0.01),其次是卵巢和小卵泡,在黄体中表达量最低;FKBP5基因在大、小卵泡不同细胞中的表达情况略有不同.其在大卵泡膜细胞中的表达极显著高于其他各类细胞(P<0.01),而在大卵泡GCs中的表达量也显著高于小卵泡的GCs、膜细胞以及大、小卵泡的卵丘细胞(P<0.05);FKBP5蛋白在阿勒泰羊初级卵泡、次级卵泡、黄体组织和大、小有腔卵泡的卵母细胞、卵丘细胞、颗粒细胞及膜细胞中均有表达.[结论]推测FKBP5基因可能在阿勒泰羊卵泡发育过程中发挥一定作用.
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绵羊FGF10基因克隆、序列分析及其在毛囊发育中的表达分析
《中国畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：本试验旨在获得中国美利奴羊成纤维细胞生长因子10（fibroblast growth factor 10,FGF10）基因的编码区（CDS）全长序列并进行生物信息学分析,随后对FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达特征进行分析,明确其在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达模式,为进一步研究FGF10 mRNA表达水平与中国美利奴羊毛囊生长发育的表达调控机制奠定理论基础。采用PCR扩增获得中国美利奴羊FGF10基因CDS,并克隆到zero PCR@TM-Blunt进行测序验证;利用实时荧光定量PCR技术检测FGF10在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达差异。结果表明,绵羊FGF10基因CDS长度为696 bp（序列上传GenBank,获得登录号:MT872422）,编码231个氨基酸,与牛和山羊的氨基酸序列同源性达100%,存在1个信号肽和1个跨膜结构域,其为分泌通路信号蛋白;实时荧光定量PCR分析表明,FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中均表达,在毛囊发育第85天表达最高,显著高于其他毛囊发育时期（P<0.05）。本研究获得中国美利奴羊FGF10基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特征,生物信息学分析发现,FGF10基因编码区序列具有物种间的保守性,同时FGF10在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明,FGF10基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要的生物学作用。
关键词： 中国美利奴羊 FGF10基因 克隆 实时荧光定量PCR 毛囊
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激素处理后绵羔羊和成年母羊卵巢颗粒细胞miRNA特征分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：[目的]通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络.[方法]以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等.[结果]从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs.共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调.其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20).对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多.利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠.[结论]miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等.
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激素处理后绵羔羊和成年母羊卵巢颗粒细胞miRNA特征分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络。【方法】以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等。【结果】从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs。共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调。其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20)。对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多。利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠。【结论】miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等。
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绵羊凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达
《江西农业大学学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因在模式动物中发挥着各种生物学功能,FSH诱导后羔羊TSP-1的表达显著下调,而成年羊在激素诱导前后则无显著变化。为探究TSP-1基因的序列结构及生物学功能,实验采用PCR扩增的方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,软件分析TSP-1基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊10个组织中的表达情况。结果显示,TSP-1基因序列全长为3 519 bp,共编码1 172个氨基酸,与预测序列相比有2个无义突变。系统进化树分析表明绵羊与牛、野猪的遗传距离较近。TSP-1蛋白结构不稳定,不存在跨膜结构,有一个信号肽,可能存在6个N-糖基化位点、50个潜在O-糖基化位点以及44个潜在的磷酸化位点,与TSP-3蛋白含有2个长重复区、3个短重复区、6个C型Ga离子结合位点和一个N型Ga离子结合位点。TSP-1基因在阿勒泰羊7个组织中都有表达,随着卵泡直径的增大,TSP-1基因的表达也逐渐升高。试验结果推测TSP-1基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。
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海南黑山羊幼畜诱导卵泡发育与体外胚胎移植的应用研究
《草食家畜 》 2018
摘要：本研究旨在提高海南黑山羊幼畜诱导卵泡超数发育与体外胚胎移植扩繁后代的应用效率。比较了供体羔羊激素处理方案、羔羊卵母细胞体外成熟体系,并通过幼畜体外胚胎移植扩繁。结果发现,采用间隔12 h对供体羔羊连续6次等剂量肌肉注射FSH,在最后一次注射FSH的同时给予250 IU PMSG,获得的卵泡数、卵母细胞数以及体外受精后胚胎卵裂率均显著高于其他实验组。比较羔羊卵母细胞体外成熟体系发现,200 nM C型利钠肽预孵育4 h然后体外成熟26 h的羔羊卵母细胞,体外受精胚胎的卵裂率和囊胚形成显著优于常规成熟组和其他实验组。此外,通过幼畜体外胚胎移植获得了35只健康后代,平均产羔率达42.9%。综上,本研究对于开展JIVET技术体系在黑山羊种群扩繁的应用具有重要的意义。
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绵羊血小板糖蛋白4基因(CD36)的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】血小板糖蛋白4基因(CD36)在模式动物中发挥着各种生物学功能,通过转录组数据分析,可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。本研究获得了CD36基因及探究其在不同组织中表达情况,从而预测其在绵羊生长过程中可能发挥的生物学功能。【方法】实验采用PCR扩增方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,运用软件分析CD36基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊7个组织及不同直径卵泡中的表达情况。【结果】CD36基因序列全长为1419 bp,共编码472个氨基酸,与预测序列相比完全一致。系统进化树分析表明绵羊与牛的遗传距离较近。CD36蛋白为脂溶性亲水蛋白,具有1个跨膜螺旋结构,在氨基酸1~20位存在以信号肽,存在8个N-糖基化和41个潜在的磷酸化位点,包括19个Ser,15个Thr和7个Tyr。检测不同组织和不同直径卵泡中CD36基因发现:CD36基因在绵羊7个组织中都有表达,心与肺和小卵泡中CD36表达量差异显著(P<0.05),在不同直径卵泡中总体表达量较低。【结论】CD36基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。
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绵羊EDAR基因的克隆、序列分析及其在毛囊发育过程中的表达
《西北农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：旨在获得中国美利奴羊EDAR(ectodysplasin A receptor)基因的CDS区全序列并进行生物信息学分析,同时分析EDAR在绵羊毛囊发育过程中的表达特性,为深入研究该基因在绵羊毛囊生长发育过程中的作用及其表达调控提供基础资料。采用PCR扩增获得绵羊EDAR基因全长编码区,并克隆到PCRTM-BluntⅡ-TOPO@vector进行测序;利用生物信息学方法预测蛋白结构;应用qRT-PCR技术检测EDAR基因在绵羊毛囊发育过程中的表达特征。结果表明,绵羊EDAR基因的CDS序列长度为1 350bp(GenBank登录号:KX900497),编码449个氨基酸,该氨基酸序列与其他物种相比一致性较高;进化树分析表明,绵羊EDAR氨基酸序列与牛的进化关系较近,与斑马鱼较远;预测结果显示绵羊EDAR蛋白存在一个信号肽和一个跨膜结构域;qRT-PCR分析表明,EDAR基因在绵羊胎儿毛囊发育过程中均有表达,在毛囊发育第55天和第135天表达较高,第75天表达最低。获得绵羊EDAR基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特性,生物信息学分析发现EDAR基因的编码区序列具有物种间的保守性,同时该基因在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明EDAR基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要作用。
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绵羊FSHR基因可变剪接体的克隆、鉴定及表达分析
《江苏农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：根据Gen Bank中绵羊促卵泡激素受体基因(FSHR)的mRNA序列(登录号:NM_001009289.1)设计引物,反转录PCR(RT-PCR)扩增蛋白编码区(CDs)区,以获取绵羊FSHR基因可变剪接体,并通过Western blot验证其在组织中的表达,通过免疫组织化学方法检测其在卵泡中的表达位置。结果表明,在绵羊卵巢中除了全长的、编码695个氨基酸的FSHR表达产物外,还鉴定到分别编码694个、633个、595个、582个和533个氨基酸的FSHR可变剪接形式的转录产物。在卵泡中主要以695(694)、633和595 3种转录本形式存在。但在颗粒细胞中绵羊促卵泡激素受体主要以经典分子即695个氨基酸的形式存在。在卵泡发育过程中,FSHR蛋白质含量发生变化:在初级卵泡中,FSHR主要在卵母细胞中表达,而不是在单层的颗粒细胞中表达,在次级卵泡中,FSHR在颗粒细胞和卵母细胞中均不表达,到三级卵泡(有腔卵泡)时,FSHR蛋白质在颗粒细胞中表达丰富。可见,绵羊FSHR基因虽然存在可变剪接体的结构,但其功能主要取决于经典型的695个氨基酸蛋白质分子,并且对初级卵泡的发育具有一定的作用。
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