科研产出
绵羊TGFβ2基因及其剪切体的克隆与生物信息学分析
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆绵羊TGFβ2(Transforming growth factor-β2)基因CDS,解析其序列及编码蛋白的生物学特性,为绵羊生产利用提供理论基础。采用PCR技术克隆获得TGFβ2基因的CDS,并进行生物信息学分析。结果表明:绵羊TGFβ2基因的CDS长度为1 329bp,编码442个氨基酸;其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2由于CDS部分缺失分别编码331和414个氨基酸。绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2编码蛋白的理论等电点分别为8.74、7.60和8.82,均存在1个信号肽和1个跨膜结构域,由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成;序列同源性分析发现,绵羊TGFβ2基因编码区的核苷酸和氨基酸序列与其他哺乳动物同源性较高,进化树分析表明,绵羊TGFβ2氨基酸序列与人类的进化关系较近,与斑马鱼较远;细胞定位分析表明TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2主要在细胞外基质中发挥作用,调控下游靶基因的表达。获得绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2完整的CDS,与TGFβ2转录本相比,TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2分别缺失111和28个氨基酸序列,其可能通过与TGFβ2转录本不同的分子调控机制发挥重要的生物学作用。
全文链接
请求原文
激素处理后绵羔羊和成年母羊卵巢颗粒细胞miRNA特征分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：[目的]通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络.[方法]以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等.[结果]从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs.共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调.其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20).对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多.利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠.[结论]miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等.
全文链接
请求原文
激素处理后绵羔羊和成年母羊卵巢颗粒细胞miRNA特征分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络。【方法】以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等。【结果】从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs。共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调。其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20)。对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多。利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠。【结论】miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等。
全文链接
请求原文
绵羊凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达
《江西农业大学学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因在模式动物中发挥着各种生物学功能,FSH诱导后羔羊TSP-1的表达显著下调,而成年羊在激素诱导前后则无显著变化。为探究TSP-1基因的序列结构及生物学功能,实验采用PCR扩增的方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,软件分析TSP-1基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊10个组织中的表达情况。结果显示,TSP-1基因序列全长为3 519 bp,共编码1 172个氨基酸,与预测序列相比有2个无义突变。系统进化树分析表明绵羊与牛、野猪的遗传距离较近。TSP-1蛋白结构不稳定,不存在跨膜结构,有一个信号肽,可能存在6个N-糖基化位点、50个潜在O-糖基化位点以及44个潜在的磷酸化位点,与TSP-3蛋白含有2个长重复区、3个短重复区、6个C型Ga离子结合位点和一个N型Ga离子结合位点。TSP-1基因在阿勒泰羊7个组织中都有表达,随着卵泡直径的增大,TSP-1基因的表达也逐渐升高。试验结果推测TSP-1基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。
全文链接
请求原文
绵羊血小板糖蛋白4基因(CD36)的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】血小板糖蛋白4基因(CD36)在模式动物中发挥着各种生物学功能,通过转录组数据分析,可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。本研究获得了CD36基因及探究其在不同组织中表达情况,从而预测其在绵羊生长过程中可能发挥的生物学功能。【方法】实验采用PCR扩增方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,运用软件分析CD36基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊7个组织及不同直径卵泡中的表达情况。【结果】CD36基因序列全长为1419 bp,共编码472个氨基酸,与预测序列相比完全一致。系统进化树分析表明绵羊与牛的遗传距离较近。CD36蛋白为脂溶性亲水蛋白,具有1个跨膜螺旋结构,在氨基酸1~20位存在以信号肽,存在8个N-糖基化和41个潜在的磷酸化位点,包括19个Ser,15个Thr和7个Tyr。检测不同组织和不同直径卵泡中CD36基因发现:CD36基因在绵羊7个组织中都有表达,心与肺和小卵泡中CD36表达量差异显著(P<0.05),在不同直径卵泡中总体表达量较低。【结论】CD36基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。
全文链接
请求原文
世界卫生组织、欧盟和中国抗生素耐药性监测现状
《中国抗生素杂志 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：随着抗生素在人类和动物中的使用,抗生素耐药性已经成为一个危害健康的全球性问题。人类、动物和食品之间的活动,加强了耐药细菌及耐药基因的传播。本文综述了世界卫生组织、欧盟国家和我国近年来对来源于人医和兽医上的耐药细菌的监测现状。
全文链接
请求原文
不同秸秆源NDF对巴什拜羊生产性能、器官发育和血清生化指标的影响
《新疆农业科学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究以玉米秸秆和小麦秸秆为中性洗涤纤维来源的日粮,对巴什拜羊采食量、日增重、屠宰率、器官发育及血液生化指标的变化,分析不同秸秆源的NDF对巴什拜羊生产性能和血液生化指标的影响。【方法】采用单因素试验设计,选取体重为(21. 76±4. 86) kg的羔羊20只,随机分为2个组,分别为Ⅰ组(饲喂玉米秸秆为纤维源的日粮)、Ⅱ组(饲喂小麦秸秆为纤维源的日粮),预试期为10 d,正试期为60 d。【结果】试验Ⅰ组、Ⅱ组羊平均日增重和干物质采食量、料重比、屠宰率差异不显著(P> 0. 05),两组间试验羊头、蹄、肾脏、胃重无显著差异(P> 0. 05),试验Ⅰ组肝脏和肺重量显著高于试验Ⅱ组(P <0. 05)。试验Ⅰ、Ⅱ组血清球蛋白、葡萄糖、乳酸脱氢酶、谷草转氨酶活性和钙磷含量均无显著差异(P> 0. 05);试验Ⅰ组血清白蛋白含量、白球比、甘油三酯显著高于Ⅱ组(P <0. 05)。【结论】两种秸秆来源NDF的日粮对巴什拜羊的生长性能、屠宰性能没有显著的影响,以玉米秸秆为NDF来源的日粮对肝脏和肺部器官机体抵抗力、免疫力影响较大,以小麦秸秆为NDF来源的日粮可能更利于脂肪的消化吸收。
全文链接
请求原文
PCA与随机森林相结合筛选高信息量SNP位点——应用于羊的品种鉴别
《计算机工程与应用 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：针对品种鉴别中面临的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)数据高维小样本的难点,研究利用少数高信息量SNP位点正确鉴别品种的方法,提出了一种新的SNP位点筛选方法。先利用PCA提取SNP主要位点,随后使用随机森林方法,根据平均精度下降和Gini指数下降对主位点的重要性进行评估,训练分类模型。最后分别选取重要度排名前48和96的位点,以这些位点为分类特征,建立分类模型进行品种鉴别。将该模型应用于6种绵羊Illumina Ovine SNP50的SNP数据。实验表明,可以从46 013个位点中分别筛选出49、96个高信息量位点用于品种鉴别,鉴别准确率达到97%以上。该方法减少了用于品种鉴别的SNP位点个数,降低了品种鉴别成本。
关键词： 主成分分析(PCA) 随机森林 高信息量SNP位点 品种鉴别
全文链接
请求原文
动物源性细菌抗生素耐药判定标准的研究现状
《中国抗生素杂志 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：抗生素在解决了许多细菌感染性疾病治疗问题的同时,其广泛不合理的应用以及细菌自身适应性的改变也加速了细菌耐药性的产生,对全球经济和公共健康带来严重危害。为了能够很好地监测细菌耐药性的变化和有效的指导临床用药,控制细菌的耐药性,建立细菌的耐药判定标准成为了一项具有实践意义的重要任务。建立耐药判定标准需要收集大量的信息,包括野生型细菌的最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)分布,体外药效学和体内药动学的数据以及临床治疗相关的数据,主要包括野生型临界值、药效学临界值和临床临界值3个方面。本文综述了动物源性耐药判定标准的研究进展,总结了目前应用最广泛的两个折点制定组织美国临床实验室标准化协会(CLSI)和欧洲药敏实验标准化委员会(EUCAST)建立耐药判定标准的方法,为建立符合我国耐药现状的耐药判定标准提供理论基础。
关键词： 耐药判定标准 CLSI EUCAST 野生型临界值 药效学临界值 临床临界值
全文链接
请求原文
