科研产出
基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域，并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组（high fertility, HF）,30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组（low fertility, LF）,对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析（PCA）、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描（Fst＆θπ）等综合分析法确定候选区域，进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡（LD）分析衰减曲线相似，系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示，两个群体明显聚成一簇，个别个体离群，其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z（Fst）值和θπ值的窗口为候选区域，共注释229个强选择信号，HF和LF组注释基因分别为86和143个，其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因，如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现，GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目，KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明，MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在，其中，g.14023542 T＞A、g.14036507 A＞G、g.14046123 C＞T位点与群体平均产羔数显著关联，且前2个突变位点呈现强连锁关系（r~2＞0.3）,g.14023542 T＞A位点TT基因型具有最多的平均产羔数（1.901±0.675）。【结论】皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似，具有一定程度的分化，但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。
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洼地绵羊FecB基因多态性及与产羔数的相关性
《黑龙江畜牧兽医 》 2016 北大核心
摘要：为了研究候选基因骨形态发生蛋白受体IB(BMPR-IB)基因Fec B突变是否为影响洼地绵羊多胎性状的主效基因,试验采用PCR-RFLP分析该基因在洼地绵羊中的多态性,利用最小二乘法分析不同基因型对产羔数的影响。结果表明:在采集的111只洼地绵羊中分析BMPR-IB基因Fec B突变位点的多态性,检测到FecB~B/FecB~B、FecB~B/FecB~+、FecB~+/FecB~+3种基因型,基因型频率分别为0.432,0.514,0.054。不同基因型对产羔数的结果分析可得,FecB~B/FecB~B、FecB~B/FecB~+基因型个体的平均产羔数显著高于野生型个体的产羔数(P<0.05),野生型个体也存在多羔现象,Fec B突变为洼地绵羊的多胎主效基因,但其突变野生型个体的产羔数也较高,推断洼地绵羊可能存在其他影响多羔性能的主效基因。
关键词： 洼地绵羊 骨形态发生蛋白受体IB(BMPR-IB) 产羔数 多胎 出生重
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BMPR-IB基因突变对策勒黑羊产羔数的影响及其遗传规律的研究
《中国畜牧杂志 》 2012 北大核心
摘要：研究采用PCR-R FLP方法检测500只策勒黑羊BMPR-IB基因FecB突变的多态性,结果表明:策勒黑羊中FecB突变纯合子、杂合子、野生型的基因型频率分别是0.108、0.442和0.450,卡方适合性检验显示该位点在群体中处于Hard-Weinberg平衡状态。通过对公、母羊及羔羊的基因型分析,发现BMPR-IB基因突变位点(FecB)的遗传完全符合孟德尔遗传规律。最小二乘法分析有产羔记录的354只母羊平均产羔数与FecB基因的相关性,结果显示BB型、B+型与++型母羊产羔数差异极显著(P<0.01),表明BMPR-IB基因FecB突变显著影响了策勒黑羊的产羔数,是策勒黑羊多胎性能的主效基因之一。
关键词： 多胎候选基因 BMPR-IB 遗传规律 产羔数 策勒黑羊
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