科研产出
苏博美利奴羊毛囊发育不同时期ncRNA调控网络的构建
《中国畜牧杂志 》 2022 北大核心
摘要：为探索苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,本研究通过挖掘苏博美利奴羊皮肤组织样本不同时期转录组数据,利用生物信息学方法构建lncRNA-miRNA-mRNA分子调控网络.结果表明:不同时期mRNA与lncRNA及miRNA具有复杂的网络连接.通过GO富集分析发现靶基因主要参与细胞增殖调控、凋亡过程及毛囊形态发生等生物学过程;参与细胞外空间、细胞外泌体、转录因子复合体、质膜的整体成分等细胞组分;参与转录因子活性、结构分子活性、细胞外基质结构组成等分子功能.通过KEGG通路分析发现差异的靶基因主要参与TGF-beta信号通路、癌症途径、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞因子与细胞因子受体的相互作用等多种途径.筛选寻找调控网络中的关键基因,发现G2 vs.G1组中miR-133、miR-433-5p的靶基因TGFβ2和NOTCH1参与毛囊形态发生(GO:0031069)的生物学过程,因此TGFβ2和NOTCH1为毛囊发育的关键基因.通过构建苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,解析毛囊发生发育的分子调控机制,从转录组学层面对毛囊生长发育进行探讨,能够对苏博美利奴羊毛囊发育的分子作用机制进行系统性挖掘.
关键词： miRNA lncRNA mRNA 毛囊发育 调控网络 苏博美利奴羊
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DNMTs基因在苏博美利奴羊皮肤毛囊发育不同时期的表达分析
《中国畜牧杂志 》 2020 北大核心
摘要：为探讨DNMT1、DNMT3a、DNMT3b基因在苏博美利奴羊皮肤毛囊不同发育时期中mRNA的表达规律,本研究选取2~3岁经产母羊,同期发情并使用同一种公羊精液进行配种,采集胚胎期65 d、85 d、105 d、135d和出生后7d、30d(分别记为G1、G2、G3、G4、G5、G6期)胎儿的皮肤组织,采用qRT-PCR检测皮肤组织中DNMTs的mRNA水平.结果表明:DNMT1在G1时期的表达量极显著高于G2、G3时期,显著高于G4、G5、G6时期;随着毛囊发育时期的变化,DNMT3a的表达量呈先上升后下降的趋势,DNMT3b表达量持续下降.在相同时期DNMT1、DNMT3a、DNMT3b 3个基因之间的相对表达量水平差异不显著.本研究获得了DNMTs基因在苏博美利奴羊毛囊发育不同时期的表达模式,为进一步揭示甲基化对苏博美利奴羊毛囊发育的调控机制奠定了基础.
关键词： 苏博美利奴羊 毛囊发育 DNMTs基因 相对表达量
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KAP16基因在苏博美利奴羊毛囊发育不同时期及不同组织中的表达分析
《家畜生态学报 》 2019 北大核心
摘要：此研究旨在探讨KAP16基因在绵羊毛囊中的分子生物学功能.试验采用实时荧光定量PCR方法分析了苏博美利奴羊毛囊发育的2个关键时期(胚胎期65 d和135 d)KAP16基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及皮肤中的表达量.结果显示:在胚胎期65 d中,KAP16基因在心脏、肝脏、脾脏及肾脏中的表达量显著高于其他3个组织(P<0.05);而在胚胎期135 d中,KAP16基因在皮肤中的表达量极显著高于其他6个组织(P<0.01),并且随着毛囊的逐渐成熟,KAP16基因在皮肤中的表达量也逐步增加.试验结果为进一步研究超细型细毛羊毛囊发育提供了理论依据.
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苏博美利奴羊毛囊发育不同时期皮肤组织LncRNAs及其靶基因的差异表达
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：长链非编码RNA (long noncoding RNA, LncRNA)参与哺乳动物多种生物学过程,目前研究其在毛囊形成过程中的作用机制却相对较少,因此研究LncRNA对毛囊发育的影响成为了解毛囊形成生物学过程的新方向。为验证前期获得的苏博美利奴羊(Ovis aries)毛囊发育不同时期皮肤组织的RNA-Seq结果以及与预测靶基因表达量差异,本研究利用qRT-PCR技术检测了在苏博美利奴羊毛囊发育6个关键时期两种在皮肤组织中差异表达且靶基因与毛囊发育相关的LncRNA 00202353和LncRNA 00316173及其靶基因的表达情况。结果表明,LncRNA 00202353及其靶基因分泌型卷曲相关蛋白2 (secreted frizzledrelated protein 2, SFRP2)的表达量在胚胎期85 d极显著高于胚胎期65 d、胚胎期135 d、出生后7 d和出生后30 d的表达量(P<0.01);LncRNA 00316173及其靶基因胰岛素样生长因子2 (insulin-like growth factor2, IGF2)的表达量在胚胎期65 d时极显著高于胚胎期135 d、出生后7 d和出生后30 d的表达量(P<0.01);将苏博美利奴羊毛囊发育时期分为发育期和成熟期进行分析,发现LncRNA 00202353及其靶基因SFRP2与LncRNA 00316173及其靶基因IGF2的表达量在毛囊发育期极显著高于毛囊成熟期(P<0.01),研究表明LncRNA 00202353与LncRNA 00316173及其靶基因参与毛囊的发育过程。本研究结果对后期深入研究LncRNA对毛囊发育的研究具有重要的参考价值,也为探究超细毛羊毛囊周期性变化的生物学过程提供研究线索。
关键词： 苏博美利奴羊 毛囊发育 长链非编码RNA(LncRNA) qRT-PCR
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Dsg4基因在苏博美利奴羊毛囊发育不同时期及不同组织中的表达差异
《中国畜牧杂志 》 2018 北大核心
摘要：为检测桥粒芯糖蛋白4(Dsg4)在苏博美利奴羊毛囊发育不同时期以及不同组织中的表达水平,本研究利用qPCR法测定Dsg4基因在苏博美利奴羊毛囊发育6个时期的皮肤组织,并选取毛囊发生和成熟2个关键时期进行Dsg4在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏及肌肉中的表达分析。结果表明:Dsg4在各组织器官中均有表达,但在胚胎期65 d时,Dsg4在肝脏中的表达量极显著高于其他6个组织(P<0.01);在肾脏中极显著高于脾脏、肺和肌肉(P<0.01),且显著高于心脏和皮肤(P<0.05);在胚胎期135 d时,Dsg4在皮肤中的表达量极显著高于其他6个组织(P<0.01),而在其余6个组织间差异不显著(P>0.05);Dsg4的表达量随着毛囊的逐步成熟呈上升的趋势,且在出生后30 d皮肤组织中的表达量极显著高于胚胎期的表达量(P<0.01)。综上,Dsg4在苏博美利奴羊初级毛囊形成及毛囊成熟2个时期各组织器官中存在表达差异;且随着毛囊的逐步成熟,Dsg4的表达量也呈上调趋势,这提示Dsg4可能与毛囊的成熟密切相关。
关键词： Dsg4 苏博美利奴羊 毛囊发育 不同组织 qPCR 差异表达
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