科研产出
不同毛色巴什拜羊皮肤组织中10个候选基因表达水平分析
《中国草食动物科学 》 2024 北大核心
摘要：为探讨可能影响动物毛色的10个候选基因（TCF25、TYR、TYRP1、ASIP、KIT、MITF、EDNRB、SLC7A11、MC1R和DCT）与巴什拜羊毛色的关系，利用实时荧光定量PCR技术对30只1周岁不同毛色（棕色、白色和黑色各10只）被毛的巴什拜羊皮肤组织中与毛色相关基因的mRNA表达量进行了研究，所有数据使用SPSS 23.0进行单因素方差分析。结果显示，在不同毛色被毛巴什拜羊皮肤中，TCF25、ASIP和EDNRB基因在白色被毛皮肤中的表达量均显著高于黑色和棕色被毛皮肤（P ＜0.05）;TYR、TYRP1、DCT和MC1R基因在黑色被毛皮肤中的表达量均显著高于白色和棕色被毛皮肤（P ＜0.05）;MITF基因在棕色被毛皮肤中的表达量显著高于白色和黑色被毛皮肤（P ＜0.05），而KIT和SLC7A11基因在不同毛色皮肤组织中均无显著差异（P＞ 0.05）。综上可知，TCF25和ASIP基因主要与巴什拜羊白色被毛性状相关，TYR、TYRP1、DCT和MC1R主要与巴什拜羊黑色被毛性状相关，而MITF和EDNRB基因参与调控巴什拜羊棕色和白色被毛性状的具体作用机制还有待进一步探究。
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鉴别蓝舌病病毒血清29型RT-PCR与qRT-PCR方法的建立与应用
《中国兽医科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为建立快速鉴别蓝舌病病毒血清29型(BTV-29)的方法,根据BTV-29型毒株基因节段2(Seg-2)的序列特征,分别设计用于RT-PCR与q RT-PCR方法的特异性引物与Taq Man探针,通过试验确定其敏感性,用BTV-1～BTV-24等核酸作为对照评价其特异性。对BTV-29感染动物血液样本中的病毒核酸进行监测,并用BTV群特异q RT-PCR方法验证其可靠性。结果显示,建立的BTV-29特异RT-PCR的灵敏度是1.12×10~2 copies/μL,而BTV-29特异q RT-PCR的灵敏度是1.12×10~1 copies/μL,均与BTV-1～BTV-24、流行性出血病病毒、帕利亚姆病毒和阿卡斑病毒之间无交叉反应;用BTV-29特异q RT-PCR检测BTV-29型感染山羊血液中的BTV-29核酸的动态变化,结果与BTV群特异q RT-PCR检测结果基本一致。本研究建立的BTV-29特异RT-PCR和q RT-PCR方法均具有良好的特异性和较高的灵敏度,能快速鉴别BTV-29,为BTV-29的致病性、诊断与流行病学研究提供了技术保障。
关键词： 蓝舌病病毒 BTV血清29型 血清型鉴定 qRT-PCR RT-PCR
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细粒棘球绦虫体外不同发育时期EgM9基因差异表达研究
《中国人兽共患病学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：目的 探究EgM9基因在细粒棘球绦虫体外不同发育时期的表达情况。方法 体外培养细粒棘球绦虫原头蚴（protoscoleces, PSCs）向成虫方向发育；收集不同发育时期的虫体，通过H＆E染色进行虫体形态学观察；运用荧光定量PCR方法，以β-Actin作为内参基因，使用2-ΔΔCt法计算虫体不同发育时期EgM9基因的表达情况，用SPSS 17.0软件进行单因素方差分析。结果 最终成功建立了细粒棘球绦虫原头蚴向成虫方向发育的体外培养模型，培养虫体至50 d;体外培养的虫体在第50 d时可产生3个节片；体外培养第50 d的虫体EgM9基因的表达量最高，与其他时期虫体表达量差异有统计学意义（F=11.32,P＜0.05）。结论 EgM9基因是细粒棘球绦虫成虫阶段高表达的基因，可能与虫体性器官发育有关。
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牛种布鲁氏菌A19-△VirB12标记疫苗双重实时荧光定量PCR方法的建立
《中国人兽共患病学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：目的 建立一种区分牛种布鲁氏菌A19-△VirB12标记疫苗株与布鲁氏菌野毒感染株的双重荧光定量PCR方法.方法 分别以布鲁氏菌4型分泌系统中VirB8基因、VirB12基因序列设计2对引物及探针,优化实时荧光PCR反应体系及条件.以牛种布鲁氏菌A19-△VirB12标记疫苗株、牛种布鲁氏菌A19疫苗株、羊种布鲁氏菌M5疫苗株以及猪种布鲁氏菌S2疫苗株、大肠杆菌、沙门氏菌基因组DNA进行Realtime-PCR扩增,评价该方法特异性.分别构建布鲁氏菌VirB12基因和VirB8基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行Realtime-PCR扩增,测定该方法的敏感性.结果 本方法具有良好的特异性,牛种布鲁氏菌A19疫苗株、羊种布鲁氏菌M5疫苗株以及猪种布鲁氏菌S2疫苗株基因组DNA同时出现VirB8基因与VirB12基因阳性扩增,牛种布鲁氏菌A19-△VirB12标记疫苗株仅出现VirB8基因阳性扩增,大肠杆菌、沙门氏菌均未扩增出 目的条带,对VirB8基因及VirB12基因片段阳性质粒的检测限分别为约102copies/μL和103 copies/μL.该方法仅用于鉴别区分牛种布鲁氏菌A19-△VirB12标记疫苗株与布鲁氏菌野毒株.结论 本研究建立的布鲁氏菌双重Realtime-PCR方法,具有良好的特异性和敏感性,为今后鉴别牛种布鲁氏菌A19-△VirB12分子标记疫苗免疫牛与 自然感染牛提供技术支撑.
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伯氏疏螺旋体TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法的建立及对新疆地区蜱的检测
《中国动物检疫 》 2019
摘要：为建立一种TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR方法,来快速、特异地检测伯氏疏螺旋体,根据GenBank发表的伯氏疏螺旋体16SrRNA序列,应用分子生物学软件进行比对,选取保守序列设计特异性引物及TaqMan-MGB探针,并优化荧光定量PCR反应体系及条件,分别对大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体进行扩增;构建伯氏疏螺旋体标准株16SrRNA基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行real-time PCR扩增,测定该方法的敏感性.结果可见:仅伯氏疏螺旋体出现阳性扩增,而大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体扩增均为阴性;该方法对阳性质粒的检测限约为100 copies/μL.应用该方法对新疆地区的100份蜱DNA样本进行检测,发现7份为伯氏疏螺旋体阳性.结果表明,本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法具有较高的特异性及良好的敏感性,为今后伯氏疏螺旋体的快速诊断及流行病学调查提供了技术支撑.
关键词： 伯氏疏螺旋体 TaqMan-MGB探针 荧光定量PCR 蜱 检测 新疆
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苏博美利奴羊毛囊发育不同时期皮肤组织LncRNAs及其靶基因的差异表达
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：长链非编码RNA (long noncoding RNA, LncRNA)参与哺乳动物多种生物学过程,目前研究其在毛囊形成过程中的作用机制却相对较少,因此研究LncRNA对毛囊发育的影响成为了解毛囊形成生物学过程的新方向。为验证前期获得的苏博美利奴羊(Ovis aries)毛囊发育不同时期皮肤组织的RNA-Seq结果以及与预测靶基因表达量差异,本研究利用qRT-PCR技术检测了在苏博美利奴羊毛囊发育6个关键时期两种在皮肤组织中差异表达且靶基因与毛囊发育相关的LncRNA 00202353和LncRNA 00316173及其靶基因的表达情况。结果表明,LncRNA 00202353及其靶基因分泌型卷曲相关蛋白2 (secreted frizzledrelated protein 2, SFRP2)的表达量在胚胎期85 d极显著高于胚胎期65 d、胚胎期135 d、出生后7 d和出生后30 d的表达量(P<0.01);LncRNA 00316173及其靶基因胰岛素样生长因子2 (insulin-like growth factor2, IGF2)的表达量在胚胎期65 d时极显著高于胚胎期135 d、出生后7 d和出生后30 d的表达量(P<0.01);将苏博美利奴羊毛囊发育时期分为发育期和成熟期进行分析,发现LncRNA 00202353及其靶基因SFRP2与LncRNA 00316173及其靶基因IGF2的表达量在毛囊发育期极显著高于毛囊成熟期(P<0.01),研究表明LncRNA 00202353与LncRNA 00316173及其靶基因参与毛囊的发育过程。本研究结果对后期深入研究LncRNA对毛囊发育的研究具有重要的参考价值,也为探究超细毛羊毛囊周期性变化的生物学过程提供研究线索。
关键词： 苏博美利奴羊 毛囊发育 长链非编码RNA(LncRNA) qRT-PCR
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绵羊EDAR基因的克隆、序列分析及其在毛囊发育过程中的表达
《西北农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：旨在获得中国美利奴羊EDAR(ectodysplasin A receptor)基因的CDS区全序列并进行生物信息学分析,同时分析EDAR在绵羊毛囊发育过程中的表达特性,为深入研究该基因在绵羊毛囊生长发育过程中的作用及其表达调控提供基础资料。采用PCR扩增获得绵羊EDAR基因全长编码区,并克隆到PCRTM-BluntⅡ-TOPO@vector进行测序;利用生物信息学方法预测蛋白结构;应用qRT-PCR技术检测EDAR基因在绵羊毛囊发育过程中的表达特征。结果表明,绵羊EDAR基因的CDS序列长度为1 350bp(GenBank登录号:KX900497),编码449个氨基酸,该氨基酸序列与其他物种相比一致性较高;进化树分析表明,绵羊EDAR氨基酸序列与牛的进化关系较近,与斑马鱼较远;预测结果显示绵羊EDAR蛋白存在一个信号肽和一个跨膜结构域;qRT-PCR分析表明,EDAR基因在绵羊胎儿毛囊发育过程中均有表达,在毛囊发育第55天和第135天表达较高,第75天表达最低。获得绵羊EDAR基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特性,生物信息学分析发现EDAR基因的编码区序列具有物种间的保守性,同时该基因在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明EDAR基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要作用。
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布鲁氏菌种荧光定量PCR快速检测方法的建立
《中国动物检疫 》 2017
摘要：根据荧光定量PCR原理和技术,通过与Gene Bank数据库中布鲁氏菌基因组进行序列比对,选择不同种属布鲁氏菌的特异性位点,设计3对引物和Taqman荧光探针。将3对引物进行独立的种特异荧光定量PCR实验优化,最终实现在1次荧光定量PCR反应中完成对牛种、羊种、猪种布鲁氏菌的鉴别和定量。该检测方法特异、敏感、快速,既能实现对布鲁氏菌的分种,又能实现定量快速检测,对于布鲁氏菌病的流行病学调查和防治都具有重要意义。
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荧光定量PCR作为猪瘟兔化弱毒疫苗效价检验替代方法的研究与应用
《中国农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立一种快速、敏感、特异的检测猪瘟兔化弱毒疫苗(HCLV)的荧光定量PCR方法(FQ-PCR),为猪瘟兔化弱毒疫苗的效力检验提供一替代方法。【方法】在猪瘟兔化弱毒疫苗基因组3′非编码区设计一对针对猪瘟兔化弱毒株的特异性引物和一条MGB探针,并进行反应体系及反应条件优化,以及特异性、灵敏度、稳定性及符合性试验。将此方法用于部分批次疫苗厂疫苗半成品的定量检验,与兔热反应进行比较,寻求两方法的相关性。【结果】试验结果证实,CT值与模板之间呈现良好的相关性,相关系数为0.9998,扩增效率为101.14%;该方法仅扩增HCLV,不扩增HCLV以外的其它病原,显示良好的特异性;具有较高的灵敏度,能检测模板中4.35个cDNA拷贝量,比CSFV-RT-nPCR高1个数量级。将此方法应用于4个厂家17个批次的34份猪瘟兔化弱毒疫苗效力检验,两只兔子均无热反应(不合格)样品共11份,FQ-PCR CT值为21.15—27.30;两只兔子一只呈现定型热,一只无热反应的样品12份,CT值为17.47—23.70;两只兔子都呈现定型热或者一只呈现定型热一只呈现轻热反应(合格品)样品共11份,CT值为17.10—20.8。【结论】建立的HCLV-FQ-PCR方法能特异性的检测疫苗核酸含量,与家兔热反应测定结果存在良好的相关性,可以用于猪瘟疫苗半成品中HCLV定量检测。
关键词： 猪瘟兔化弱毒疫苗 效价检验 荧光定量PCR TaqMan-MGB
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定量PCR研究细粒棘球蚴抗氧化相关基因的差异表达
《中国人兽共患病学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：目的在已构建的氧化胁迫下细粒棘球蚴(Echinococcus granulosus)与正常组织差异表达的消减cDNA文库中,筛选细粒棘球蚴在抗氧化过程中差异表达的重要基因。方法将前期研究中应用抑制性消减杂交技术(suppression subtrac-tive hybridization,SSH)构建氧化胁迫下细粒棘球蚴差异表达基因的消减cDNA文库进行蓝白斑筛选和菌落PCR分析后测序分析。测序结果利用BLAST在线软件与GenBank数据库进行同源序列比对分析和BlastX分析。从文库中随机挑选4个未知新序列和抗氧化密切相关的TPx基因片段,利用定量PCR法研究氧化胁迫下,差异表达基因片段在mRNA水平上的变化情况。结果整个文库克隆测序结果获得重要基因的cDNA序列,如氧化还原酶、蛋白激酶、生长因子等。另有部分克隆在GenBank中无法查到对应的同源基因,可能代表了新基因。定量PCR结果显示:S88、H32-1两个基因在0.8mmol/LH2O2氧化胁迫的原头蚴中表达量分别上调为未经氧化胁迫原头蚴中的2.0和2.3倍,TPx基因片段当H2O2浓度大于0.8mmol/L时,其表达量增高。结论上述基因的上调表达很可能与细粒棘球蚴在抗氧化过程中的相关功能有密切的联系,可以作为研究细粒棘球蚴抗氧化的候选基因。
关键词： 细粒棘球蚴 氧化胁迫 抑制性消减杂交 荧光定量PCR 基因差异表达
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