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关键词:序列分析(模糊匹配)
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绵羊AMH基因的克隆、序列分析与原核表达

江苏农业学报 2013 北大核心 CSCD

摘要:旨在克隆绵羊抗苗勒管激素基因(oAMH)的全长编码区序列,并对其序列进行分析。以绵羊的卵泡颗粒细胞全RNA逆转录得到的cDNA为模板,参照牛的AMH cDNA序列设计兼并引物,对oAMH基因的全长编码区进行T载体克隆并测序,并对其进行生物信息学分析。根据预测的编码区氨基末端260氨基酸对应的序列设计表达引物,构建原核表达载体pET15b-oamh260,转化BL21(DE3)菌,经IPTG诱导,对表达产物进行SDS-PAGE和Western blot鉴定。序列分析结果表明,获得的绵羊AMH基因序列全长1 797 bp(GenBank登录号:KC986978),完整开放阅读框为1 728 bp,共编码575个氨基酸,氨基末端24个氨基酸为信号肽序列,羧基末端区域TGFβ家族保守区,全序列与牛AMH的同源性为95.80%。SDS-PAGE结果显示,IPTG诱导表达的融合蛋白大小为30 000,与预期蛋白质大小一致。Western blot检测结果显示,该蛋白质为His融合蛋白。以上结果表明该试验成功克隆了绵羊AMH基因的完整编码区序列,构建了原核表达载体,在大肠杆菌中成功表达出目的融合蛋白,为进一步研究其生物学功能奠定了基础。

关键词: 绵羊 AMH基因 序列分析 原核表达

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四种璃眼蜱ITS2基因的序列分析

寄生虫与医学昆虫学报 2012

摘要:对采自新疆准噶尔盆地的亚洲璃眼蜱指名亚种、亚东璃眼蜱、残缘璃眼蜱和盾糙璃眼蜱进行总DNA提取,PCR扩增和测序,并从GenBank中下载的6种硬蜱ITS2序列,应用软件分析ITS2片段长度、变异位点、G+C含量和进化关系.结果显示,亚洲璃眼蜱指名亚种和亚东璃眼蜱的ITS2序列长度均为1 458 bp,全序列存在3个变异位点(A、G转换)和2个碱基缺失\插入,同源性达99%,残缘璃眼蜱和盾糙璃眼蜱的ITS2全长均为1 561 bp,存在12个变异位点,同源性达99%;12种硬蜱的ITS2序列中G+C含量较高,为61.2%~62.7%.系统进化分析表明亚洲璃眼蜱指名亚种和亚东璃眼蜱、残缘璃眼蜱和盾糙璃眼蜱分别处在两个分支上,这两个分支分别与嗜驼璃眼蜱和小亚璃眼蜱聚为一支.璃眼蜱属、革蜱属和扇头蜱属聚为一大支,血蜱属单独构成一大支.

关键词: 璃眼蜱 ITS2 序列分析 准噶尔盆地

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绵羊Noggin基因的克隆、序列分析与原核表达

西北农业学报 2012 北大核心 CSCD

摘要:根据同源序列克隆原理设计一对引物,以绵羊脑组织总RNA的反转录产物为模板,利用RT-PCR扩增绵羊Noggin基因cDNA全长编码区,克隆到pMD-18T载体。测序验证后,提取pT-Noggin质粒经BamHⅠ和XhoⅠ双酶切回收目的条带,亚克隆到pET41a原核表达载体,转化BL21(DE3)菌,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物。序列分析表明,绵羊Noggin基因的cDNA全长编码区(GenBank登录号为FJ751853)为699bp,编码232个氨基酸,与其他哺乳动物氨基酸序列同源性达到95%以上。SDS-PAGE结果显示,诱导表达的融合蛋白大小为60ku,与预期蛋白大小一致。Western blot检测结果显示,该蛋白为His融合蛋白。说明成功克隆了绵羊Noggin基因的编码区序列,构建了原核表达载体,在大肠杆菌中成功表达出目的融合蛋白。

关键词: 绵羊 Noggin基因 序列分析 原核表达

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一株野生灰雁禽流感H9亚型病毒全基因序列的测定与分析

中国兽医科学 2012 北大核心 CSCD

摘要:为研究新疆野生灰雁禽流感毒株的基因变异与演化,选择A/Grey goose/XJBZH/1/09(H9N2)株,应用RT-PCR对该毒株的8个基因片段进行了克隆、序列测定与分析。结果,该毒株的HA、NA、NS、M、NP、PB1、PB2和PA这8个基因的核苷酸序列长度分别为1 831、1 548、1 077、1 202、1 705、2 342、2 426和2 319bp。基因序列分析表明,该毒株的HA基因与鸡源毒株A/Chicken/Xinjiang/01/2010(H9N2)的同源率为99.3%;HA和NA基因与鸽源毒株A/pigeon/HongKong/WF53/03(H9N2)的同源率分别为91.5%和91.1%;HA、NA、NS和PB1基因与猪源毒株A/swine/Yangzhou/1/2008(H9N2)的同源率分别为97.5%、97.8%、96.9%和97.5%;NA基因与人源毒株A/Shaoguan/408/98(H9N2)的同源率为93.8%;M、NP、PA和PB2基因与所选的全部参考毒株的同源率均很低。遗传进化分析表明,A/Greygoose/XJBZH/1/09(H9N2)株属于欧亚种系,位于Y280-like亚群。

关键词: 禽流感H9亚型病毒 新疆 野生鸟类 序列分析

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应用RACE技术扩增驴DGAT1基因3′端及序列分析

中国奶牛 2011

摘要:DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种DGAT1基因的相似性设计特异引物,运用PCR和3′RACE技术扩增并获得了特异片断,特异片段回收纯化连接到pUCmT Vector载体后,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落;提取质粒进行测序,结果发现该段序列与预期的目标一致,通过与其他动物同源性比较分析说明已首次克隆到驴DGAT1基因3′端。

关键词: RACE技术 DGAT1 基因3′端 序列分析

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鸡新城疫病毒新疆分离株F基因遗传进化分析

动物医学进展 2011 北大核心 CSCD

摘要:对2株分离自新疆乌鲁木齐市的鸡源新城疫病毒F基因进行了扩增、序列测定和分析。结果显示,该2株新城疫病毒F基因核苷酸序列长度分别为1 586bp和1 654bp,分別编码520和545个氨基酸;氨基酸裂解位点的序列均为112R-R-Q-K-R-F117,具备了基因Ⅶ型强毒株的特征;同源性分析表明,该2株新城疫病毒分离株与现用疫苗毒株的同源性在81.8%~84.2%之间,与国内外流行的基因Ⅶ型新城疫病毒同源性在87.4%~98.2%之间,与基因Ⅶd亚型新城疫病毒株的同源性较高,为94.4%~98.2%;遗传进化分析表明,该2个毒株与FJ882014-LN、FJ608335-XJ、FJ80805-JL等国内流行的基因Ⅶd亚型新城疫病毒株在一个分支内亲缘关系最近。

关键词: 新城疫病毒强毒 F基因 序列分析 新疆株

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新疆奶牛乳源大肠杆菌毒力相关基因eaeA的克隆及序列分析

新疆农业大学学报 2011 北大核心

摘要:从采自新疆乌鲁木齐市周边的5个奶牛场疑患隐性乳腺炎奶牛乳样,分离、纯化、鉴定出34株牛乳源大肠杆菌。根据GenBank发表的大肠杆菌16S rRNA序列和eaeA基因序列,用Oligo 6.0软件分别设计两对特异性引物,对分离菌株进行复检,并利用聚合酶链式反应(PCR)对eaeA基因进行扩增,结果10株为阳性,阳性率为29.4%(10/34)。将阳性样品进序列分析,结果与已发表的序列同源率为65%以上。与FJ609802株同源性较高,同源性75%。将阳性菌株用大肠埃希氏菌O抗原定型血清标定,以O21血清型的菌株eaeA基因阳性率较高。

关键词: eaeA基因 奶牛乳腺炎 序列分析

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新疆奶牛乳源大肠杆菌Irp2毒力岛的克隆及序列分析

新疆农业大学学报 2010 北大核心

摘要:采集新疆奶牛隐性乳腺炎乳样,经分离、鉴定,从中得到乳源大肠杆菌,并将大肠杆菌菌株用大肠杆菌O因子血清标定。根据GenBank已发表的Irp2基因序列,用Oligo 6.0生物软件设计一对特异性引物。对分离得到的大肠杆菌菌株提取基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)进行扩增。结果表明,所分离大肠杆菌中Irp2基因阳性率为35.3%(12/34),阳性样品的测序结果与已发表的Irp2基因序列高度同源,同源率在98%以上。同时发现Irp2基因的阳性率与血清型并没有相关性。

关键词: Irp2基因 甜菜碱 牛乳腺炎 序列分析 进化树

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5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

中国畜牧兽医 2009 北大核心

摘要:从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)和1株鸽源NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5株NDV的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662bp,均含有1个开放阅读框,分別编码553、528、553、520和553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株,XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5个NDV新疆分离株与LaSota疫苗株的核苷酸同源性在83.7%~99.8%之间,与TaiWan95株核苷酸同源性在84.7%~93.3%之间;遗传发育进化树分析表明,分离到的4个弱毒株与La-Sota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。

关键词: 新城疫病毒 F基因 序列分析

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细粒棘球绦虫成虫表膜抗原特异性基因的筛选及克隆

中国动物传染病学报 2009

摘要:为筛选细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg)表膜抗原基因或具有诊断性的特异性基因,提取Eg成虫表膜抗原,经ELISA、Western blot对该抗原的免疫学特性进行初步研究。以Eg成虫表膜抗原高免鼠血清为探针,筛选Eg成虫cDNA文库,将阳性噬菌斑的PCR产物和pGEM-T载体连接,转染到DH5α,对得到的重组子进行测序,并进行同源性分析。ELISA检测显示,表膜抗原免疫鼠诱导产生了特异性抗体,Western blot鉴定该抗体能识别Eg成虫表膜抗原、原头蚴、Eg发育不成熟、Eg发育成熟抗原。筛选出6个阳性克隆,DNA片段大小在1~2kb之间。对阳性克隆进行同源性分析,结果与EgP-29mRNA同源性为99%,与Eg14-3-3蛋白mRNA同源性80%-99%。筛选Eg成虫cDNA文库所获得的基因,证明了Eg虫体表膜抗原的存在,有望成为犬细粒棘球绦虫的诊断抗原以及犬抗细粒棘球绦虫的候选基因。

关键词: 细粒棘球绦虫 Eg成虫表膜抗原 Eg成虫cDNA文库 免疫筛选 序列分析

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