科研产出
拒盐型盐生植物小花碱茅肌动蛋白基因片段的克隆及序列分析
《基因组学与应用生物学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：本研究根据其它植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以拒盐型盐生植物小花碱茅根部总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,阳性克隆经PCR检测后进行测序,在GenBank中注册;序列分析结果表明:该片段长约600bp,编码198个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的其它植物Actin基因序列同源性均在84%以上,与其它肌动蛋白的氨基酸序列同源性达94%以上。
布鲁氏菌病VirB8-PCR诊断试剂盒的特异性评价
《中国动物检疫 》 2009
摘要：使用VirB8-PCR诊断试剂盒对布鲁氏菌标准株、疫苗株及新疆分离株共7株布鲁氏菌的VirB8基因序列扩增、克隆并与Genbank中发表的VirB8基因序列(AF226278)进行比较和分析,发现:该基因非常保守,7株布鲁氏菌的同源性在99.2%以上,其中A菌与Rev1基因序列100%同源,B菌与Genbank发表的基因序列100%同源;牛种(544A、A19)和羊种(M5、Rev1)分别各自在相同部位发生了相同的碱基突变,因此VirB8基因有可能做为布鲁氏菌疫苗菌的鉴定分类基因。VirB8基因在布鲁氏菌中高度保守,可作为布鲁氏菌检测模板,VirB8-PCR诊断试剂盒特异、敏感,检测结果可靠。
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新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析
《动物医学进展 》 2009 北大核心
摘要：应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中。经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较。序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%。三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以1bp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型。
鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析
《动物医学进展 》 2008 北大核心
摘要：根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 KIBVXJ株 S1基因 序列分析
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禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4(H5N1)的PB1、PB2和PA基因测序及进化分析
《山东农业大学学报(自然科学版) 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：通过RT-PCR技术对禽流感病毒新疆株A/Duck/X J/4(H5N1)的PB1、PB2和PA基因分别进行了扩增及克隆,测序结果表明该毒株的PB2、PB1和PA基因全长核苷酸序列分别为2341 bp、2282 bp和2187 bp。同源性分析表明A/Duck/X J/4(H5N1)株与禽源、野生鸟类和猪源的禽流感毒株均有很高的同源性(86.3%~99.6%)。与人源毒株相比,PB2和PA与A/HK/156/97(H5N1)株的同源性较低(86.3%~88.7%);与A/V ietnam/CL01/2004(H5N1)株和A/hum an/Zhejiang/16/2006(H5N1)株的同源性较高(93.0%~98.8%);PB1与人源毒株A/HK/156/97(H5N1)、A/V ietnam/CL01/2004(H5N1)、A/hum an/Zhejiang/16/2006(H5N1)同源性为91.1%~93.2%。
关键词： 禽流感病毒 PB1、PB2和PA基因 RT-PCR 序列分析
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禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4的M基因的序列分析
《新疆农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR技术对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4的M基因进行了扩增与克隆,得到了全长核苷酸序列为1 016 bp的M基因,序列分析表明,M基因最大的开放阅读框位于19~1 000碱基;M1蛋白位于19~777碱基,编码252个氨基酸。M2蛋白位于19~44碱基和733~1 000碱基,编码97个氨基酸。同源性分析显示,A/Duck/XJ/4株M基因的核苷酸序列和氨基酸序列与所选H5N1亚型的参考毒株以及所选不同HA亚型的参考毒株均有很高的同源性。
3株牛布鲁氏菌19疫苗株赤藓醇代谢基因的克隆与序列分析
《新疆农业大学学报 》 2008 北大核心
摘要：对3株(国际标准参考株S19,中国天康疫苗株A19-1,中国中监所标准株A19-2)不同来源布鲁氏菌19疫苗株的赤藓醇代谢基因(Erythritol catabolic gene,简写Ery)进行克隆与序列分析。参照GenBank中布鲁氏菌牛种2308的赤藓醇代谢基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法扩增3株19疫苗株Ery基因,对PCR产物进行克隆、测序分析。与2308比较,S19的Ery基因缺失702碱基,两株中国来源的A19不缺失,但阅读框的51,52位CG变为GC,521,522,523缺失AGG,547位T变为C。引起的氨基酸变化有,13位R变为A,170位T变为A,178位V变为A。赤藓醇代谢基因的克隆测序结果表明,我国的两株A19均不缺失702个碱基,但有3处发生点突变,引起3个氨基酸发生变化。
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H5N1亚型禽流感病毒新疆株HA基因的克隆及序列分析
《中国兽医杂志 》 2008 北大核心
摘要：参照已发表的H5N1亚型禽流感的HA基因序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/3(H5N1)、A/Duck/XJ/4(H5N1)、A/CH/XJ/5(H5N1)、A/Goose/XJ/10(H5N1)和A/Duck/XJ/11(H5N1)进行RT-PCR扩增和克隆,获得了5个毒株的HA全长核苷酸序列,分别为1 779 bp1、774 bp、1 776 bp、1 758 bp和1 740 bp序列分析表明,在HA切割位点处均有多个连续的碱性氨基酸(-R-E-R-R-R-K-K-R-)插入,具有高致病性禽流感病毒的特征.同源性分析表明,新疆分离株之间的核苷酸同源性在96.9%~98.8%;与来自青海湖斑头雁、广西天鹅、香港白鹭和台湾鸽等不同野禽毒株同源性为95.7%~100%;与来自香港、越南、浙江的人源禽流感毒株的同源性为95.2%~98.2%。
鹅源H5N1亚型禽流感病毒新疆株HA基因的克隆和序列分析
《全国人畜共患病学术研讨会论文集 》 2006 CSCD
摘要：根据已发表的H5N1亚型禽流感病毒的血凝素(HA)基因序列,设计并合成了1对引物,利用RT-PCR方法扩增出鹅源H5N1亚型禽流感病毒新疆株A/Goose/XJYL/10/2003(H5N1)HA基因,然后将其克隆到pMD18-T载体上,获得了全长为1758bp的HA全基因序列,其氨基酸切割位点附近具有碱性氨基酸插入,具备了高致病性禽流感病毒的特征。利用DNA分析软件,与GenBank中已发表的同一亚型禽流感病毒HA基因的参考进行比较分析表明,本试验株与香港、广东、广西、浙江等南方地区2000-2004年间的H5N1禽流感毒株HA基因核甘酸序列同源性在98.0%-98.7%之间,的H5N1禽流...
