科研产出
绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
《草食家畜 》 2024
摘要：【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区（CDS）全长序列，并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列，以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因，利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时，采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量，这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690 bp，编码229个氨基酸，TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示，TMEM182属于稳定的疏水性蛋白，具有跨膜结构，无信号肽，具有3个N-糖基化位点，其蛋白二级结构主要由无规则卷曲（38.43%）和2α螺旋（30.57%）组成，而延伸链（24.89%）和β转角（6.11%）的占比相对较少，三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示，TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织（P<0.05）。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段，分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。
关键词： TMEM182基因 基因克隆 组织表达分析 生物信息学分析
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绵羊FGF10基因克隆、序列分析及其在毛囊发育中的表达分析
《中国畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：本试验旨在获得中国美利奴羊成纤维细胞生长因子10（fibroblast growth factor 10,FGF10）基因的编码区（CDS）全长序列并进行生物信息学分析,随后对FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达特征进行分析,明确其在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达模式,为进一步研究FGF10 mRNA表达水平与中国美利奴羊毛囊生长发育的表达调控机制奠定理论基础。采用PCR扩增获得中国美利奴羊FGF10基因CDS,并克隆到zero PCR@TM-Blunt进行测序验证;利用实时荧光定量PCR技术检测FGF10在中国美利奴羊毛囊发育过程中的表达差异。结果表明,绵羊FGF10基因CDS长度为696 bp（序列上传GenBank,获得登录号:MT872422）,编码231个氨基酸,与牛和山羊的氨基酸序列同源性达100%,存在1个信号肽和1个跨膜结构域,其为分泌通路信号蛋白;实时荧光定量PCR分析表明,FGF10基因在中国美利奴羊毛囊发育过程中均表达,在毛囊发育第85天表达最高,显著高于其他毛囊发育时期（P<0.05）。本研究获得中国美利奴羊FGF10基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特征,生物信息学分析发现,FGF10基因编码区序列具有物种间的保守性,同时FGF10在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明,FGF10基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要的生物学作用。
关键词： 中国美利奴羊 FGF10基因 克隆 实时荧光定量PCR 毛囊
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绵羊PDGFD基因克隆及其在不同部位脂肪组织中的表达
《中国畜牧兽医 》 2021 北大核心
摘要：试验旨在获得绵羊血小板源性生长因子D（PDGFD）基因的编码区（coding sequence, CDS）全长序列,并了解其在体内不同部位脂肪组织中的表达规律。以阿勒泰母羊和中国美利奴母羊为研究对象,克隆获得了PDGFD基因CDS区全长序列并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR方法对PDGFD基因在2个品种羊沉积在尾部、肠系膜、背部和肾脏周围4个不同部位脂肪组织中的表达水平进行定量分析。结果显示,绵羊PDGFD基因CDS区序列长度为1 113 bp,编码370个氨基酸;PDGFD基因CDS区序列及其编码序列与山羊的相似性最高,其次是牛、猪、马、人,与鼠的相似性最低,系统进化树分析结果与其一致;预测PDGFD蛋白属于稳定的亲水性蛋白,且无跨膜区,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;PDGFD蛋白含有1个糖基化位点、1个CUB结构域和1个PDGF结构域,PDGFD蛋白二级结构由α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲构成,三级结构与结构域和二级结构分析结果基本吻合。实时荧光定量PCR结果显示,PDGFD基因在阿勒泰羊4个脂肪组织的表达量均高于中国美利奴羊,其中阿勒泰羊尾脂和背部脂肪的表达量显著高于中国美利奴羊（P<0.05）。本研究结果为进一步探究PDGFD基因在绵羊脂肪沉积中的作用机制提供参考。
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单核细胞增生李斯特菌新型内化素lmo0549的分子特征及其表达
《江苏农业科学 》 2019 北大核心
摘要：应用PCR技术对单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)新型内化素lmo0549基因进行克隆和测序,并对其进行生物信息学分析;通过扩增获得Lmo0549蛋白氨基端抗原集中区序列,并将其亚克隆至pET-32a(+)表达载体,转入大肠杆菌中用异丙基硫代半乳糖苷(isopropyl β-D-thiogalactoside,简称IPTG)诱导表达,应用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,简称SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(western blot)鉴定重组蛋白的表达形式及其抗原特异性.序列分析结果表明,扩增得到的lmo0549基因全长为2 034 bp,编码677个氨基酸,其信号肽序列是前23个氨基酸,在Lmo0549蛋白氨基酸序列中,从N端到C端分别包括5个富含亮氨酸的重复基序(LRR)、1段PKD重复序列和1个WxL结构域;同时还存在N-联糖基化位点10个、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点14个、蛋白激酶C磷酸化位点15个.同源性分析显示,LM-SB5 lmo0549基因编码的蛋白氨基酸序列与标准株李斯特菌EGD-e,(NC003210.1)蛋白氨基酸序列的同源性为88.04%,且在单核细胞增生李斯特菌中具有较高的保守性.SDS-PAGE分析显示,表达的Lmo0549蛋白氨基端抗原集中区具有与理论值33.8 ku相符的分子质量;蛋白质印迹法分析表明,重组蛋白Lmo0549与LM阳性血清可发生特异性免疫反应,为进一步探讨Lmo0549在LM侵入宿主细胞的分子作用机制奠定了前期基础.
关键词： 单核细胞增生李斯特菌 内化素Lmo0549 克隆 分子特征 原核表达
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绵羊TGFβ2基因及其剪切体的克隆与生物信息学分析
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆绵羊TGFβ2(Transforming growth factor-β2)基因CDS,解析其序列及编码蛋白的生物学特性,为绵羊生产利用提供理论基础。采用PCR技术克隆获得TGFβ2基因的CDS,并进行生物信息学分析。结果表明:绵羊TGFβ2基因的CDS长度为1 329bp,编码442个氨基酸;其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2由于CDS部分缺失分别编码331和414个氨基酸。绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2编码蛋白的理论等电点分别为8.74、7.60和8.82,均存在1个信号肽和1个跨膜结构域,由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成;序列同源性分析发现,绵羊TGFβ2基因编码区的核苷酸和氨基酸序列与其他哺乳动物同源性较高,进化树分析表明,绵羊TGFβ2氨基酸序列与人类的进化关系较近,与斑马鱼较远;细胞定位分析表明TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2主要在细胞外基质中发挥作用,调控下游靶基因的表达。获得绵羊TGFβ2及其可变剪切体TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2完整的CDS,与TGFβ2转录本相比,TGFβ2-AS1和TGFβ2-AS2分别缺失111和28个氨基酸序列,其可能通过与TGFβ2转录本不同的分子调控机制发挥重要的生物学作用。
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绵羊EDAR基因的克隆、序列分析及其在毛囊发育过程中的表达
《西北农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：旨在获得中国美利奴羊EDAR(ectodysplasin A receptor)基因的CDS区全序列并进行生物信息学分析,同时分析EDAR在绵羊毛囊发育过程中的表达特性,为深入研究该基因在绵羊毛囊生长发育过程中的作用及其表达调控提供基础资料。采用PCR扩增获得绵羊EDAR基因全长编码区,并克隆到PCRTM-BluntⅡ-TOPO@vector进行测序;利用生物信息学方法预测蛋白结构;应用qRT-PCR技术检测EDAR基因在绵羊毛囊发育过程中的表达特征。结果表明,绵羊EDAR基因的CDS序列长度为1 350bp(GenBank登录号:KX900497),编码449个氨基酸,该氨基酸序列与其他物种相比一致性较高;进化树分析表明,绵羊EDAR氨基酸序列与牛的进化关系较近,与斑马鱼较远;预测结果显示绵羊EDAR蛋白存在一个信号肽和一个跨膜结构域;qRT-PCR分析表明,EDAR基因在绵羊胎儿毛囊发育过程中均有表达,在毛囊发育第55天和第135天表达较高,第75天表达最低。获得绵羊EDAR基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特性,生物信息学分析发现EDAR基因的编码区序列具有物种间的保守性,同时该基因在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明EDAR基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要作用。
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中国美利奴羊(新疆型)各品系间毛性状的差异分析
《新疆农业科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】以新疆巩乃斯种羊场的985只中国美利奴羊(新疆型)母羊为研究对象,采集其毛样,分析各品系间毛性状的差异并做相关分析。【方法】收集整理所有个体鉴定记录和剪毛记录,实验室完成平均纤维直径、纤维直径变异系数和弯曲数的测定。利用SAS8.1软件,分析品系及出生季节合并效应和群别效应对中国美利奴羊(新疆型)毛性状的影响,明确各性状间的相关关系。【结果】品系与出生季节合并效应对自然毛长、弯曲数、体格大小、剪毛量、剪毛后体重、鉴定时体重和细度支数有极显著的影响(P<0.01),对纤维直径变异系数有显著影响(P<0.05);群别效应对羊毛平均纤维直径、弯曲数、油汗、鉴定时体重和细度支数有极显著影响(P<0.01),各毛性状之间存在不同程度的相关。【结论】比较各品系间毛性状的差异,明确各性状间的相关关系,为中国美利奴羊(新疆型)羊毛品质评定提供理论依据,增加选育工作的预见性。
关键词： 中国美利奴羊(新疆型) 品系 羊毛性状 相关分析
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猪繁殖与呼吸综合征新疆株ORF2-7基因的克隆及序列分析
《新疆农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究新疆PRRS流行毒株的ORF2–7基因的变异及进化情况,为揭示PRRSV在新疆的流行特点提供参考,为新疆PRRS的防控提供理论依据。【方法】将新疆某规模化和散养户猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪肺脏病料进行处理,提取病毒RNA,应用PT-PCR技术扩增出4株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF2–7基因序列,并进行序列测定。【结果】PRRSV ORF2–7基因核苷酸长度为3 206bp。序列分析表明,新疆分离株XJTK-02株、XJERG-03株、XJ-04株和XJFCH-05株之间核苷酸的同源率较高,为90.3%~98.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%~98.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%~90.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%~54.6%。【结论】新疆分离株为PRRSV美洲型。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 克隆 序列分析
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泰勒焦虫表面抗原TaSP、spag-1和Tams1基因片段克隆与序列分析
《草食家畜 》 2014
摘要：为了解泰勒焦虫表面抗原基因特性,利用PCR方法对实验室保存的泰勒焦虫细胞表面抗原spag-1、Tams1和TaS部分基因片段进行克隆与序列分析。PCR结果显示所扩增的spag-1、Tams1和TaSP部分基因长度分别为372bp,324bp和321bp。系统发育树分析表明,与本次测序表面抗原TaSP和Tams1基因片段同源性最高的虫株登录号分别为FJ895154和AF214797的泰勒焦虫株,同源性分别高达100%与99.69%;与spag-1基因片段同源性最高的虫株登录号为X78188、XM949884和M63017,它们之间同源性为100%。
关键词： 泰勒焦虫 TaSP spag-1 Tams1 克隆 序列分析
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