科研产出
鄂尔多斯细毛羊KAP15-1和KAP27-1基因多态性及其与羊毛性状的关联分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在鉴定细毛羊主要经济性状相关的分子标记,以462只1岁鄂尔多斯细毛羊母羊为实验动物,联合DNA混池测序和Snapshot技术,检测KAP15-1基因和KAP27-1基因多态性.采用SAS 9.2 对非同义突变位点和鄂尔多斯细毛羊羊毛性状进行相关性分析,利用DNASTAR软件预测蛋白质二级结构.结果显示:KAP15-1基因的SNP1 突变位点对羊毛纤维直径标准差和纤维直径变异系数有显著影响;SNP1 突变位点对蛋白质二级结构的影响集中在 60~80 号氨基酸之间.KAP27-1基因的SNP3 突变位点对羊毛平均纤维直径有显著影响,对纤维直径标准差和剪毛前体重影响极显著;SNP3 突变导致的蛋白质二级结构变化分布在整个氨基酸序列上,但是集中在Beta、Turn、Coil Regions和Antigenic Index部分.综上,KAP15-1基因的SNP1 突变和KAP27-1基因的SNP3 突变影响鄂尔多斯细毛羊羊毛纤维直径,在实际育种中可作为该性状的潜在分子标记.
关键词： 鄂尔多斯细毛羊 羊毛性状 KAP15-1 KAP27-1 多态性
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幼龄反刍动物瘤胃微生物定植与肠道酶系建立研究进展
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：瘤胃是反刍动物重要的消化器官,瘤胃微生物可以将饲粮降解为宿主生长所需的各类营养物质,与反刍动物的生产性能密切相关.肠道酶是帮助宿主消化的关键因子,酶种类和活性的高低影响着动物对营养物质消化吸收和自身的生长发育.调节反刍动物瘤胃微生物和肠道酶系表达,提高动物对营养物质的消化和吸收,改善动物健康状况是目前普遍的研究方向.幼龄反刍动物胃肠道发育不完全,菌群和酶系结构并不完善,在幼龄反刍动物微生物群落稳定之前,早期调控其瘤胃微生物群落和肠道酶系可以更加长期、有效地改善幼畜胃肠道环境发育,促进反刍动物生长发育.本文概括了幼龄反刍动物瘤胃微生物定植与酶系建立相关研究进展,旨在为后续研究提供一定理论基础.
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体内干扰Zfy基因对驴精子发育相关基因表达的影响
《新疆农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究体内干扰Zfy基因对驴睾丸、附睾组织中Zfy蛋白表达以及精子发育相关基因表达的影响。【方法】选取健康种公驴，将一侧睾丸注射空载体作为对照组，另一侧睾丸注射Zfy干扰载体作为干扰组。采集睾丸、附睾组织，分别制作冰冻切片、固定液中固定及液氮中保存。使用冰冻切片观察载体绿色荧光蛋白在组织中的表达情况。使用免疫组化和HE染色观察干扰组和对照组Zfy蛋白表达情况。通过RT-qPCR检测干扰Zfy基因对睾丸、附睾中精子生成相关基因SYCP3、STRA8、TNP2、FAS表达水平的影响。【结果】绿色荧光蛋白主要在驴曲细精管中的圆形精子细胞和部分长形精子细胞中表达，干扰载体成功转入；干扰组驴睾丸Zfy蛋白表达量显著下调；干扰Zfy基因使驴睾丸中SYCP3基因表达量显著下调、附睾中TNP2和FAS基因表达量显著下调、而睾丸和附睾中STRA8基因表达量没有明显差异。【结论】驴Zfy基因主要在驴圆形精子中表达，干扰Zfy基因可显著抑制驴睾丸中Zfy蛋白表达、SYCP3基因表达和附睾中TNP2、FAS基因表达。
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无芒雀麦幼苗对温度变化的适应性策略
《草地学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：全球气温变化对植物形态、生理及分子调控产生不同程度的影响，改变了植物的生长状态。本研究为探究野生无芒雀麦（Bromus inermis）应对温度变化采取的适应对策，设置5个温度处理，分别为对照T1（15/5℃）、增温T2（17.5/7.5℃）、增温T3（20/10℃）、增温T4（22.5/12.5℃）和增温T5（25/15℃）,观测其幼苗的表型和解剖结构，测定生理特征，利用转录组测序技术进行分析。结果表明：增温显著提高叶长和叶生物量分配，降低了叶片厚度和表皮细胞厚度，部分增温处理（T3,T5）减少根生物量分配并减小根系直径（P＜0.05）;增温使叶片中的可溶性蛋白含量显著降低（P＜0.05）,过氧化氢酶和过氧化物酶活性更强，形态和生理指标间相关性较弱；T5增温下叶片差异表达基因199个，根系484个。总体而言，无芒雀麦幼苗地上部分比地下部分对增温的响应更敏感。
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新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌的耐药性及传播特性
《中国兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌的流行特征，采用K-B纸片法对40株猪、羊、骆驼、马、鸡、鹅、鸽、犬和猫源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药的大肠杆菌进行了药物敏感试验，利用PCR方法进行耐药基因、整合子检测以及质粒复制子分型，通过接合试验对多黏菌素耐药表型的水平转移进行了研究。结果显示，这些大肠杆菌对氨苄西林、阿莫西林、复方新诺明、头孢曲松、四环素、链霉素、头孢噻肟和庆大霉素的耐药率为82.5%～100%;对氟苯尼考、磷霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、头孢他啶、阿奇霉素、阿米卡星和头孢吡肟耐药率为20.0%～67.5%;对哌拉西林/他唑巴坦、氨苄西林/舒巴坦、头孢西丁和亚胺培南的耐药率为2.5%～10.0%,均为多重耐药。40株受试株中，各耐药基因的检出情况，mcr-1,12.5%;blaCTX-M-1,85%;blaCTX-M-9,15%;blaTEM,60%;floR,70%;tetA,55%;tetG,17.5%;sul2,37.5%;sul1,17.5%;aadA1,35%;strA,32.5%;aac,17.5%;未检出mcr2～10、blaCTX-M-2、blaSHV、strB和tetE。共检出4种质粒复制子型，IncFIB,52.5%;IncHI2,20%;IncN,20%;IncFIA,7.5%。9株携带Ⅰ类整合子，未检出Ⅱ类整合子。40株受试菌均可水平转移多黏菌素耐药表型，但在接合子中未检测出耐药基因、质粒和整合子。结果表明，新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌多重耐药情况严重，耐药基因携带种类多样，均可水平转移多黏菌素耐药表型，应当谨慎使用多黏菌素，以期减缓耐药细菌的发展。
关键词： 携带blaCTX-M大肠杆菌 多黏菌素耐药 流行特征 动物 新疆
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基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域，并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组（high fertility, HF）,30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组（low fertility, LF）,对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析（PCA）、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描（Fst＆θπ）等综合分析法确定候选区域，进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡（LD）分析衰减曲线相似，系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示，两个群体明显聚成一簇，个别个体离群，其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z（Fst）值和θπ值的窗口为候选区域，共注释229个强选择信号，HF和LF组注释基因分别为86和143个，其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因，如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现，GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目，KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明，MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在，其中，g.14023542 T＞A、g.14036507 A＞G、g.14046123 C＞T位点与群体平均产羔数显著关联，且前2个突变位点呈现强连锁关系（r~2＞0.3）,g.14023542 T＞A位点TT基因型具有最多的平均产羔数（1.901±0.675）。【结论】皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似，具有一定程度的分化，但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。
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细毛羊育种目标性状的相关关系及差异分析
《新疆农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究苏博美利奴羊和中国美利奴羊(新疆型)周岁母羊各育种目标性状间的相关及差异性,分析各性状间的遗传规律,为提高新疆细毛羊的育种进程提供科学依据.[方法]收集、测量并整理共计 1 546只周岁母羊(苏博美利奴羊497 只,中国美利奴羊(新疆型)1 049 只)的个体鉴定记录和剪毛记录,测定平均纤维直径、纤维直径标准差和纤维直径变异系数.利用SPSS 25.0 软件,对毛用性状(平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数、毛长、剪毛量)、繁殖性状(出生类型)以及生长性状(体格评分、鉴定时体重)数据进行描述性统计,分析各性状间相关关系,采用单因素方差分析(ANOVA)不同品种以及不同类型间的差异.[结果]苏博美利奴羊和中国美利奴羊(新疆型)出生类型与相关毛用性状(平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数和毛长)以及生长性状(体格评分和鉴定时体重)均无显著差异(P>0.05),苏博美利奴羊和中国美利奴羊(新疆型)两品种间鉴定时体重均与平均纤维直径、毛长以及剪毛量等毛用性状呈极显著相关(P<0.01),各毛用性状间存在不同程度的相关性.[结论]苏博美利奴羊在毛用性状(平均纤维直径和纤维直径标准差)和生长性状(鉴定时体重)均优于中国美利奴羊(新疆型),平均纤维直径的范围在16.86~19.01 μm,属优质超细型细毛羊.
关键词： 苏博美利奴羊 中国美利奴羊(新疆型) 育种目标性状 相关性
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基于状态向量增强ByteTrack的新生羔羊活动量自动计算方法
《农业工程学报 》 2024 EI 北大核心 CSCD
摘要：为评价母羊繁殖性能并及时发现分娩栏中的弱活力羔羊，该研究提出一种基于状态向量增强ByteTrack的新生羔羊活动量自动计算方法。针对传统ByteTrack算法在跟踪目标被遮挡时易发生身份切换的问题，引入置信度信息增强的状态向量，提高跟踪算法区分遮挡与被遮挡羔羊的能力。针对跟踪目标丢失导致轨迹预测不准确的问题，构建目标丢失期间的虚拟轨迹并重更新轨迹状态向量，以纠正轨迹误差。在获取各羔羊活动轨迹后，计算各羔羊帧间移动距离统计羔羊活动量。在江苏海门山羊研发中心采集的新生羔羊活动视频数据集上，测试状态向量增强的ByteTrack多目标跟踪算法性能。测试结果表明，研究提出的多目标跟踪方法在高阶跟踪精度、多目标跟踪精度、多目标跟踪准确度、IDF1得分上分别达到80.8%、86.1%、84.5%和92.2%，相较于现有算法的最高精度，分别提高2.7、0.2、2.3和3.9个百分点。该研究所提方法能够实现同窝多只新生羔羊的稳定跟踪，为新生羔羊活动量的自动计算、母羊繁殖性能的自动评估提供技术支撑。
关键词： 动物 目标检测 多目标跟踪 数据关联 遮挡 羔羊活动量
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布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因突变特征分析
《中华地方病学杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：目的分析布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因的突变特征。方法选取分离自新疆维吾尔自治区的4株布鲁氏菌利福平耐药株（JSY-26、G-9、WSY-13、AW-3株）DNA, 采用PCR扩增利福平rpoB基因, 并对核苷酸序列进行测序。以布鲁氏菌利福平耐药标准株（RB51株）和利福平敏感株（ALT-8株）的rpoB基因序列为参照, 应用Mega 7.0软件比对分析4株布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因利福平耐药决定区（rifampicin resistance determination region, RRDR）内外的碱基突变位点及类型。结果经序列比对分析, JSY-26和WSY-13株均在rpoB基因RRDR 1 576 bp处发生单碱基点突变, 碱基由鸟嘌呤（guanine, G）突变为腺嘌呤（adenine, A）;G-9株在rpoB基因RRDR 1 606 bp处发生单碱基点突变, 碱基由胞嘧啶（cytosine, C）突变为A。AW-3株在rpoB基因RRDR外2 536、2 537、2 626、2 636、2 654 bp处出现3种类型共5处突变, 分别为插入突变3处[胸腺嘧啶（thymine, T）插入1次、C插入2次], 缺失突变1处（C缺失）, 单碱基点突变1处（由G突变为C）。结论布鲁氏菌利福平耐药株rpoB基因RRDR突变以单碱基点突变为主, RRDR外则出现多位点插入和缺失突变。
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基于转录组测序筛选疆南绒山羊次级毛囊周期发育相关的circRNA
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨疆南绒山羊皮肤毛囊的生长发育机制，加深对次级毛囊发育相关候选基因遗传调控和功能的认识，为指导疆南绒山羊后期培育，改善其绒产量提供参考。【方法】利用高通量测序技术对疆南绒山羊次级毛囊生长期、退行期和休止期皮肤组织中环状RNA（circRNA）进行分析，筛选出不同比较组的差异表达circRNA（DE circRNA）,对其宿主基因进行GO功能、KEGG通路及蛋白互作（PPI）分析，并联合前期转录组数据构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络。【结果】在9个疆南绒山羊皮肤组织中共鉴定到2 482个circRNAs。其中包含138个DE circRNAs,退行期和生长期、退行期和休止期、休止期和生长期比较组中分别存在54、74、65个DE circRNAs。GO功能和KEGG通路分析揭示，DE circRNA宿主基因主要富集在细胞黏附、整合素介导信号通路、细胞整合素复合物等功能通路，以及一些与毛囊生理过程有关的信号通路，如MAPK、TGF-beta、Hedgehog等。结合PPI网络推测14个circRNAs可能参与调控疆南绒山羊皮肤次级毛囊生长发育。通过6个DE circRNAs、20个DE miRNAs、3个DE mRNAs和2个DE lncRNAs构建了疆南绒山羊ceRNA网络。【结论】本研究通过转录组测序筛选出与疆南绒山羊次级毛囊周期发育相关的关键circRNAs,包括novel-gene5238-2、novel-gene7855-1、novel-gene4455-1等。研究结果为circRNA在绒山羊次级毛囊发育中的生物学功能和调控特性提供理论依据，也为疆南绒山羊育种提供了新的方向。
关键词： 疆南绒山羊 转录组测序 环状RNA（circRNA） 次级毛囊周期
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