科研产出
不同基因编辑类型对FGF5基因编辑羊羊毛性状的影响
《新疆农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析不同基因编辑类型对成纤维生长因子 5(FGF5)基因编辑细毛羊羊毛性状的影响,为开展基因编辑细毛羊的羊毛性状遗传参数评估提供理论依据.[方法]收集181 只FGF5 周岁基因羊,分析编辑细毛羊羊毛自然长度、伸直长度、羊毛纤维直径和剪毛量等性状的数据.[结果]FGF5 基因编辑细毛羊羊毛自然长度平均值为10.49 cm,变异系数为11.82%.FGF5-InDel和FGF5-HDR基因编辑细毛羊羊毛自然长度和剪毛量均极显著高于野生型(P<0.01).-28 bp或-26 bp、2 bp和置换(c.61 C>T)的羊毛自然长度和伸直长度均极显著长于wt(P<0.01),-28 bp或-26 bp的剪毛量显著高于wt(P<0.05).-28 bp基因型的双等位基因编辑和单等位基因编辑突变的羊毛自然长度和伸直长度均极显著长于野生型(P<0.01).[结论]不同基因编辑类型的FGF5 基因编辑细毛羊均可显著提高羊毛自然长度和剪毛量,可利用表型性状突出的后代组建核心编辑羊群体,促进FGF5 基因编辑细毛羊选育扩繁.
关键词： FGF5基因编辑细毛羊 编辑类型 羊毛自然长度 剪毛量 基因型 突变类型
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不同品种肉鸽生长与繁殖性能的比较分析
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：试验旨在通过对墨玉县蓝海鸽业发展有限公司同舍内的4个肉鸽品种进行分析，比较不同肉鸽品种在相同管理条件下的繁殖性能差异。随机选择健康、体重无显著差异的180日龄白羽王鸽、白卡奴鸽、欧洲肉鸽、塔里木鸽各100对，保证每个品种的个体遗传背景相同，每个品种的100对为一个组，每个组10个重复，每个重复10对，试验观察期为6个月。结果表明：在相同饲养环境下，白卡奴鸽平均产蛋数最高，平均产蛋数为19.6枚，高于白羽王鸽、欧洲肉鸽、塔里木鸽（P<0.05）；塔里木鸽平均受精蛋枚数、出雏数均最高，分别为16.8枚、13.6只；塔里木鸽死胚数、死雏数均最低，分别为3枚、1只；出栏数4个品种差异不显著。在生长性能方面，欧洲肉鸽的平均出栏重为525.12 g，大于其他3个品种的肉鸽（P<0.05）。综上所述，根据4个品种鸽繁殖性能的生产数据比对结果，可知白卡奴鸽可重点关注产蛋性能，欧洲肉鸽需高度利用其出栏重，而塔里木鸽对新疆南疆环境的适应性强。
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引导编辑技术的研究进展及应用
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：以CRISPR/Cas9为基础的引导编辑系统是新开发出的一种基因编辑技术，可以精确实现12种碱基的互换、插入和缺失，并且不需要产生双链断裂和引入外源供体DNA。本文从基因编辑的发展、引导编辑系统的原理、特点、优化、脱靶效应、在动植物和基因治疗研究中的应用、引导编辑系统的设计等几方面进行综述，为促进相关领域的科研工作者了解引导编辑系统及进一步利用引导编辑系统在动植物科学基础研究和育种方面的应用提供指导。
关键词： CRISPR/Cas9 引导编辑（prime editing, PE） pegRNA 应用研究
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比较CRISPR/Cas9和PE技术对HEK293T细胞中eGFP基因的编辑效率影响
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了构建增强型eGFP（Enhanced GFP）基因CRISPR/Cas9和引导编辑（Prime Editing,PE）相关载体，确定CRISPR/Cas9和PE对eGFP基因的编辑效率，本研究通过生物信息学对eGFP基因进行靶位点分析，人工合成eGFP sgRNA/15 bp缺失的pegRNA及niRNA，构建LentiCRISPRV2-eGFP sgRNA、15 bp缺失的pU6-eGFP-pegRNA和U6-eGFP-niRNA质粒；培养293T细胞，利用荧光倒置显微镜、流式细胞仪和HiTOM深度测序，检测eGFP基因的FITC-A-Mean和细胞发生的编辑类型，同时预测不同编辑类型蛋白结构变化。结果发现，eGFP-sgRNA组的FITC-A-Mean显著低于阴性对照组；eGFP-PE2组的FITC-A-Mean极显著低于阴性对照组；eGFP-PE3b组的FITC-A-Mean极显著低于阴性对照组；Hi-TOM测序表明eGFP-sgRNA、eGFP-PE2和PE3b的编辑效率分别为20.420%、36.735%和40.180%;PE3b较PE2编辑效率提升3.445%;eGFP野生型蛋白二级结构中延伸链最多达到83个（34.73%）,eGFP-CRISPR/Cas9-1bp插入蛋白二级结构中无规则卷曲达到144个（56.69%）;eGFP-PE-15 bp缺失蛋白中延伸链最多达到85个（36.32%）。本试验成功构建LentiCRISPRV2-eGFP sgRNA、15 bp缺失的pU6-eGFP-pegRNA和U6-eGFP-niRNA质粒，转染后绿色荧光强度均极显著降低，CRISPR/Cas9编辑存在多种编辑形式，而PE编辑除15 bp缺失的精准编辑外存在比例较少的碱基替换，表明利用PE编辑系统可以实现精准编辑，为研究动物功能基因和精准分子育种领域奠定基础。
关键词： CRISPR-cas9 引导编辑（PE） eGFP基因 FITC-A-Mean Hi-TOM深度测序
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基于转录组测序分析SOX18在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：旨在初步探究SOX18基因在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能。本研究首先采用免疫荧光染色试验对从湖羊毛囊中分离的细胞进行鉴定，然后构建SOX18基因过表达载体并通过qRT-PCR和Western blot检测其过表达效率。将经过鉴定且生长状态良好的毛乳头细胞分为两组，分别转染SOX18过表达载体和空载质粒，每组3个重复。采用Trizol法提取6个样本的总RNA并构建cDNA文库，利用Illumina Novaseq6000平台进行测序，然后对样本相关性和差异表达基因进行分析，并对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释，寻找SOX18基因调控的相关候选基因和通路。为确认转录组数据的准确性，随机选取9个差异表达基因进行qRT-PCR验证。免疫荧光结果显示，毛乳头相关基因在所分离的细胞中高表达，表明所分离的毛乳头细胞纯度高。qRT-PCR和Western blot检测发现，SOX18基因过表达能够增加毛乳头细胞中SOX18的mRNA和蛋白水平，表明构建的SOX18基因过表达载体可用于后续试验。转录组分析结果表明样本间相关性好，SOX18过表达组和对照组相比共发现157个基因差异表达，其中103个基因在SOX18过表达后上调，54个基因下调，qRT-PCR分析表明转录组数据准确性高。GO功能分析显示，一些差异基因富集于细胞进展和毛囊发育过程。KEGG富集分析表明，一些差异表达基因富集于细胞增殖和毛囊发育相关信号通路。GO功能分析和KEGG富集分析表明SOX18在毛乳头细胞的增殖和毛囊发育过程中起作用。本研究通过转录组测序分析发现SOX18可能通过影响细胞增殖和毛囊发育相关的基因和信号通路来影响毛乳头细胞增殖和毛囊生长发育，研究结果为解析SOX18基因在湖羊毛乳头细胞和毛囊中的分子调控机制提供了理论基础。
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细粒棘球蚴感染对小鼠肝纤维化的影响
《中国兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：采用门静脉注射法建立细粒棘球蚴BALB/c小鼠高、低剂量(2 000、500原头蚴)肝脏模型,1、3及8个月后采集小鼠肝脏标本,Masson染色鉴定纤维化程度,免疫组化法检测α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)和Ⅲ型胶原蛋白(Colla-gen Ⅲ)的表达.Masson染色结果显示,病灶边缘带肝脏组织的胶原染色比正常肝脏组织明显增多并形成了致密的环状结构,在囊壁周围广泛分布,且与对照组相比,试验组纤维化程度具有统计学差异(P<0.01);免疫组化(α-SMA)染色显示,试验组小鼠肝脏中α-SMA主要表达在炎症浸润及肉芽组织增生区域,与对照组相比,试验组α-SMA的表达量具有统计学差异(P<0.01);免疫组化(Collagen Ⅲ)染色结果显示,正常肝脏组织中Collagen Ⅲ主要表达在血管周围,而在低剂量和高剂量细粒棘球蚴感染组小鼠肝脏中主要表达在病灶周围,且与对照组相比,不同时间点高剂量组和低剂量组具有统计学差异(P<0.001).综上细粒棘球蚴感染小鼠可导致肝纤维化,且不同时间点不同剂量细粒棘球蚴感染小鼠肝脏中α-SMA、Collagen Ⅲ的表达水平随着胶原面积的增加而升高.
关键词： 细粒棘球蚴 α-平滑肌肌动蛋白 Ⅲ型胶原蛋白 肝纤维化
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无芒雀麦幼苗对温度变化的适应性策略
《草地学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：全球气温变化对植物形态、生理及分子调控产生不同程度的影响，改变了植物的生长状态。本研究为探究野生无芒雀麦（Bromus inermis）应对温度变化采取的适应对策，设置5个温度处理，分别为对照T1（15/5℃）、增温T2（17.5/7.5℃）、增温T3（20/10℃）、增温T4（22.5/12.5℃）和增温T5（25/15℃）,观测其幼苗的表型和解剖结构，测定生理特征，利用转录组测序技术进行分析。结果表明：增温显著提高叶长和叶生物量分配，降低了叶片厚度和表皮细胞厚度，部分增温处理（T3,T5）减少根生物量分配并减小根系直径（P＜0.05）;增温使叶片中的可溶性蛋白含量显著降低（P＜0.05）,过氧化氢酶和过氧化物酶活性更强，形态和生理指标间相关性较弱；T5增温下叶片差异表达基因199个，根系484个。总体而言，无芒雀麦幼苗地上部分比地下部分对增温的响应更敏感。
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新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌的耐药性及传播特性
《中国兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌的流行特征，采用K-B纸片法对40株猪、羊、骆驼、马、鸡、鹅、鸽、犬和猫源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药的大肠杆菌进行了药物敏感试验，利用PCR方法进行耐药基因、整合子检测以及质粒复制子分型，通过接合试验对多黏菌素耐药表型的水平转移进行了研究。结果显示，这些大肠杆菌对氨苄西林、阿莫西林、复方新诺明、头孢曲松、四环素、链霉素、头孢噻肟和庆大霉素的耐药率为82.5%～100%;对氟苯尼考、磷霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、头孢他啶、阿奇霉素、阿米卡星和头孢吡肟耐药率为20.0%～67.5%;对哌拉西林/他唑巴坦、氨苄西林/舒巴坦、头孢西丁和亚胺培南的耐药率为2.5%～10.0%,均为多重耐药。40株受试株中，各耐药基因的检出情况，mcr-1,12.5%;blaCTX-M-1,85%;blaCTX-M-9,15%;blaTEM,60%;floR,70%;tetA,55%;tetG,17.5%;sul2,37.5%;sul1,17.5%;aadA1,35%;strA,32.5%;aac,17.5%;未检出mcr2～10、blaCTX-M-2、blaSHV、strB和tetE。共检出4种质粒复制子型，IncFIB,52.5%;IncHI2,20%;IncN,20%;IncFIA,7.5%。9株携带Ⅰ类整合子，未检出Ⅱ类整合子。40株受试菌均可水平转移多黏菌素耐药表型，但在接合子中未检测出耐药基因、质粒和整合子。结果表明，新疆动物源携带blaCTX-M且对多黏菌素耐药大肠杆菌多重耐药情况严重，耐药基因携带种类多样，均可水平转移多黏菌素耐药表型，应当谨慎使用多黏菌素，以期减缓耐药细菌的发展。
关键词： 携带blaCTX-M大肠杆菌 多黏菌素耐药 流行特征 动物 新疆
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基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域，并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组（high fertility, HF）,30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组（low fertility, LF）,对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析（PCA）、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描（Fst＆θπ）等综合分析法确定候选区域，进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡（LD）分析衰减曲线相似，系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示，两个群体明显聚成一簇，个别个体离群，其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z（Fst）值和θπ值的窗口为候选区域，共注释229个强选择信号，HF和LF组注释基因分别为86和143个，其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因，如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现，GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目，KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明，MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在，其中，g.14023542 T＞A、g.14036507 A＞G、g.14046123 C＞T位点与群体平均产羔数显著关联，且前2个突变位点呈现强连锁关系（r~2＞0.3）,g.14023542 T＞A位点TT基因型具有最多的平均产羔数（1.901±0.675）。【结论】皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似，具有一定程度的分化，但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。
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鸡滑液囊支原体对常用抗菌药流行病学临界值的建立
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)是现在规模化禽养殖业中危害最大的支原体之一，同时也出现了严重的耐药性。为了解鸡滑液囊支原体对各种药物的耐药现状。本课题参考CLSI和EUCAST中制定流行病学/野生型临界值(epidemiological/wildtype cut-off values, ECOFFs/CO_(WT))的方法，通过查找国内外相关文献报道，收集汇总近5年不同地区、不同来源的MS对各种药物的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)数据，应用肉眼观察法、ECOFFinder软件分析法和正态化耐药解释法(NRI)综合分析从而得到ECOFFs,随后计算相应的耐药率。结果显示，MS对泰乐菌素、替米考星、泰万菌素、多西环素、土霉素、金霉素、泰妙菌素、林可霉素、氟苯尼考和大观霉素的ECOFF值分别为1、0.5、0.5、2、4、2、2、2、8和4μg·mL~(-1)。在CLSI和EUCAST缺乏MS对各种抗菌药的敏感性折点下，本课题为临床合理用药，耐药性工作的开展，减少MS耐药性的产生以及治疗与防控提供了理论基础与科学依据。
关键词： 鸡滑液囊支原体 流行病学临界值 耐药性 ECOFFinder软件 正态化耐药解释法
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